村委会以母亲不是户主为由，将其房屋产权登记在儿子名下，这一做法通常是不合法的。以下从多个角度进行分析：

1. 房屋产权归属原则：

   • 房屋产权的归属应当基于房屋的实际出资建造者或合法继承人等法定原则来确定，而非仅仅依据户主身份。如果母亲是房屋的实际出资建造者或合法继承人，那么她应当拥有该房屋的产权。

2. 户主身份与产权登记的关系：

   • 户主身份并不直接决定房屋产权的归属。户主主要是户籍管理上的概念，用于代表家庭在户籍管理中的地位，而房屋产权则是物权法上的概念，两者没有必然的联系。因此，村委会不能仅凭母亲不是户主就将其房屋产权登记在儿子名下。

3. 村委会的权限与职责：

   • 村委会作为基层群众性自治组织，其职责主要是办理本村的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安等。在房屋产权登记方面，村委会并没有直接的决定权或操作权。房屋产权的登记应当由相关的房地产管理部门或不动产登记机构负责，并依据相关法律法规进行。

4. 合法途径与救济措施：

   • 如果母亲认为自己的房屋产权被错误登记，她可以通过合法途径来维护自己的权益。例如，她可以向房地产管理部门或不动产登记机构提出异议，要求更正登记；或者通过法律途径，如提起行政诉讼或民事诉讼，来维护自己的合法权益。

如果遇到此类问题，建议母亲及时咨询专业法律人士，了解具体的法律程序和维权途径，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题，也可以直接向我咨询。