核心结论：农村宅基地登记在父亲名下但备注是非集体经济组织成员，其归属权是否合法需分情况讨论，不能一概而论。
法律分析：
宅基地使用权主体资格：
- 根据《土地管理法》及相关规定，宅基地使用权主体原则上应为农村集体经济组织成员。非集体经济组织成员一般不得取得宅基地使用权。
- 若父亲原本为集体经济组织成员，后因某种原因（如迁出户口）变为非集体经济组织成员，但宅基地使用权是在其作为集体经济组织成员期间取得并登记的，这种情况下，宅基地使用权可能仍然有效，但可能受到一定限制，如不得翻建、改建等。
登记效力与实际情况：
- 不动产登记具有公示公信效力，但并非绝对。若登记内容与实际情况不符，或存在违法情形，登记的效力可能受到挑战。
- 在本题中，若宅基地确实登记在父亲名下，但备注为非集体经济组织成员，这可能表明登记机关在登记时已注意到父亲身份问题，或该备注是后续添加以反映实际情况。
归属权合法性判断：
- 若宅基地使用权是在父亲作为集体经济组织成员期间合法取得：尽管现在父亲已非集体经济组织成员，但宅基地使用权可能仍然有效，归属权仍属于父亲（或其继承人，若父亲已去世）。但需注意，这种情况下可能受到翻建、改建等限制。
- 若宅基地使用权是在父亲非集体经济组织成员期间取得：则该取得行为可能违法，宅基地使用权的归属权可能存在问题。此时，可能需要通过法律程序确认宅基地使用权的合法性，或面临被收回的风险。
特殊情况处理：
- 若宅基地上的房屋是通过合法建造取得，根据《民法典》第二百三十一条，因合法建造房屋等事实行为设立物权的，自事实行为成就时发生效力。因此，即使宅基地使用权存在问题，房屋的所有权可能仍然有效。
- 但需注意，房屋所有权与宅基地使用权是相互独立的，房屋所有权的存在并不必然解决宅基地使用权的合法性问题。
律师建议：
核实宅基地使用权取得时间：首先需核实宅基地使用权是在父亲作为集体经济组织成员期间取得，还是在其非集体经济组织成员期间取得。这有助于判断宅基地使用权的合法性。
咨询当地土地管理部门：由于宅基地使用权问题涉及地方政策，建议咨询当地土地管理部门或相关部门，了解具体政策和规定。
保留相关证据：如宅基地使用权证、房屋建造许可证、家庭成员关系证明等，以备不时之需。
考虑法律程序：若宅基地使用权归属权存在争议，或面临被收回的风险，建议及时咨询专业律师，考虑通过法律程序解决争议。
总结：农村宅基地登记在父亲名下但备注是非集体经济组织成员，其归属权是否合法需根据宅基地使用权的取得时间、当地政策以及具体情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。