合同在备案且农民工工资账户有相关记录的情况下，一般能证明劳动关系，但需结合其他证据综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同本身对劳动关系的证明作用
   劳动合同是证明劳动关系最直接的证据。根据《劳动合同法》第十条，建立劳动关系应当订立书面劳动合同。若农民工与用人单位签订了合法有效的劳动合同，且合同中明确约定了工作内容、工作地点、劳动报酬、工作时间等核心条款，即使未备案，也能直接证明双方存在劳动关系。但若合同存在伪造、胁迫签订等情形，其证明力可能被削弱。

2. 备案对合同证明力的强化
   若劳动合同已向劳动行政部门备案（如通过“劳动用工备案系统”登记），备案记录可作为辅助证据，证明合同的真实性与合法性。备案行为本身不直接创造劳动关系，但能减少用人单位否认合同真实性的可能性，尤其在发生纠纷时，备案记录可作为第三方中立证据，增强合同的可信度。

3. 农民工工资专用账户的关联证明作用
   根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条，用人单位需为农民工开设工资专用账户，并通过该账户按月支付工资。若工资账户的交易记录显示：

   • 工资支付方为合同约定的用人单位；
     
   • 工资支付周期与合同约定一致；
     
   • 工资数额与合同约定或行业惯例相符，
     则工资账户记录可与合同形成证据链，进一步证明劳动关系的存在。例如，若合同约定月薪8000元，而工资账户连续6个月每月收到8000元，且转账方为用人单位，则可高度印证劳动关系。

4. 需注意的例外情形

   • 合同未实际履行：若合同签订后，农民工未实际提供劳动（如未到岗、被安排至其他单位工作），或用人单位未支付工资，则合同可能仅具形式意义，无法证明实际劳动关系。
     
   • 挂靠或转包情形：在建设工程领域，若农民工被包工头招用，而包工头挂靠某公司承接工程，此时农民工可能与挂靠公司无直接劳动关系，需结合工资支付主体、工作管理主体等综合判断。
     
   • 证据冲突：若用人单位提供相反证据（如工资由第三方支付、考勤记录缺失等），可能削弱合同与工资账户的证明力，需通过其他证据（如工作证、工友证言等）补强。

建议：若农民工需证明劳动关系，除合同与工资账户记录外，还可收集以下证据：

• 工作证、服务证等身份证明文件；
  
• 考勤记录、加班通知等工作安排证据；
  
• 同事证言或工作现场照片、视频；
  
• 用人单位发放的劳动保护用品、培训记录等。
  

若遇到用人单位否认劳动关系，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，由相关部门调查核实。如有进一步疑问，可直接向我咨询。