针对“一个合同对应三个施工许可证时工期如何计算”的问题，核心结论需结合合同约定与施工许可证的关联性分情况讨论，具体分析如下：

1. 合同明确约定总工期且未拆分施工许可证对应工程范围
   若合同中已明确约定整体工程的总工期（如“自开工之日起365日历天完成全部工程”），且未将工期与三个施工许可证分别对应，则工期计算应以合同约定为准。此时三个施工许可证仅代表不同施工区域的合法性，不影响总工期计算逻辑。
   法律依据：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充；无法补充的，按合同相关条款或交易习惯确定。若合同已明确总工期，无需因施工许可证数量调整。

2. 合同将工期与施工许可证对应工程范围拆分约定
   若合同中明确将工程划分为三个部分（如A栋、B栋、配套设施），并分别约定各部分对应的施工许可证及工期（如“A栋自许可证核发之日起180日完成”），则工期需按分项约定计算。此时需注意：

   • 工期独立性：各施工许可证对应工程的工期独立计算，互不影响；
     
   • 总工期协调义务：若合同约定“整体工程需在某一总期限内完成”，则承包人需协调各分项工期，避免因某一部分延误导致整体超期（此时可能涉及违约责任）。
     风险提示：若分项工期与总工期存在冲突（如分项工期之和超过总工期），需以合同明确约定的优先顺序为准；未明确的可能引发争议，建议通过补充协议明确。

3. 合同未明确约定且施工许可证涉及不同阶段工程
   若三个施工许可证对应不同施工阶段（如基础工程、主体工程、装修工程），且合同未约定总工期或阶段工期，则工期计算需结合行业惯例及实际履行情况：

   • 阶段衔接义务：承包人需在上一阶段完工后及时申请下一阶段许可证，避免因自身原因导致工期延误；
     
   • 发包人配合义务：若施工许可证办理需发包人提供资料（如规划许可、用地审批），发包人未及时配合的，工期可依法顺延（《民法典》第七百九十八条）。
     实务建议：此类情况下建议通过会议纪要、工作联系单等方式固定各阶段实际开工、完工时间，作为工期争议的证据。

总结：工期计算的核心在于合同约定，若合同已明确总工期或分项工期，直接按约定执行；未明确的需结合施工许可证对应的工程范围、阶段及实际履行情况综合判断。建议双方在合同中细化工期条款（如明确“施工许可证核发不影响总工期计算”或“分项工期延误超过X日视为整体违约”），以减少争议。如有具体合同条款或施工场景需进一步分析，可直接向我咨询。