针对您提出的“医院有押金条但系统内已退款怎么办”的问题，这确实是一个需要细致处理的情况。以下是我为您整理的一套详细且有条理的解决步骤，希望能帮助您妥善解决这一问题。

一、核实情况，确认退款状态

首先，您需要确认医院系统内确实已经完成了退款操作。这可以通过查看您的银行账户、支付平台交易记录或医院提供的退款确认单等方式进行核实。如果确认退款已经到账，但您手中仍持有押金条，这可能是由于系统更新延迟或信息同步问题导致的。

二、与医院友好沟通，说明情况

1. 直接联系相关科室：您应尽快与医院的结算处、住院部护士站或收费窗口进行联系，向工作人员说明您的情况，即您手中持有押金条，但系统内已显示退款。

2. 提供证据：在沟通时，请务必出示您的押金条作为证明，并说明您已经核实了退款状态。如果可能的话，提供退款到账的银行交易记录或支付平台截图作为辅助证据。

3. 寻求解决方案：询问医院工作人员如何处理这种情况，是否需要您退回押金条，或者医院是否有其他流程来确认退款并注销押金条。

三、保留沟通记录，以备不时之需

无论您是通过电话、面对面还是在线方式与医院沟通，都请详细记录沟通的时间、地点、参与人员及内容。如果可能的话，对电话沟通进行录音（确保合法合规），对面谈内容进行书面整理。这些记录将作为您后续维权的重要证据。

四、如果沟通无果，考虑向上级主管部门投诉

如果与医院沟通后问题仍未得到解决，您可以考虑向当地卫生健康委员会（卫健委）投诉。在投诉时，请详细说明医院名称、事情经过、与医院沟通的情况以及您提供的证据。卫健委作为医院的上级管理部门，将负责监督并协调解决此类问题。

五、法律途径作为最后手段

如果上述所有方式均未能解决问题，您还可以考虑寻求法律途径来维护自己的权益。这包括发送律师函或向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在采取法律行动之前，请确保您已经收集了充分的证据来支持您的诉求。

总结：面对医院有押金条但系统内已退款的情况，您应首先核实退款状态，然后与医院友好沟通并说明情况。如果沟通无果，可以考虑向上级主管部门投诉或寻求法律途径来解决问题。在整个过程中，请务必保留好相关证据和沟通记录，以便在需要时提供证明。希望这些建议能帮助您妥善解决这一问题。