违规决策使用专项资金的处理方式需根据具体情节和后果，结合行政、刑事及民事法律责任综合判定，核心处理原则为追责与整改并重。以下从不同法律维度展开分析：

一、行政责任层面：违规决策主体可能面临行政处分或处罚

若专项资金使用决策违反《预算法》《财政违法行为处罚处分条例》等法规，决策者（如单位负责人、直接责任人）可能被追究行政责任。具体情形包括：

1. 决策程序违法：未履行集体决策、专家论证、公开公示等法定程序，擅自决定资金用途；
2. 资金用途违规：将专项资金用于非指定项目（如将教育专项资金用于行政开支）；
3. 超范围使用：超出资金预算或合同约定范围支出。

处理结果：

• 对单位：财政部门可责令改正，追回违规资金，并处以警告或罚款；
  
• 对个人：根据《公务员法》《事业单位工作人员处分暂行规定》，决策者可能被给予警告、记过、降级、撤职甚至开除处分。

二、刑事责任层面：严重违规可能构成犯罪

若违规决策使用专项资金涉及以下情形，可能触犯刑法：

1. 贪污罪：决策者通过虚报项目、伪造凭证等方式非法占有专项资金；
   
2. 挪用公款罪：将专项资金挪作个人使用或进行营利活动，数额较大且未归还；
   
3. 滥用职权罪/玩忽职守罪：国家机关工作人员因严重不负责任或故意违规决策，导致公共财产、国家和人民利益遭受重大损失。

处理结果：

• 根据犯罪情节，可能被判处有期徒刑、拘役或罚金；
  
• 若单位构成单位犯罪，对单位判处罚金，并追究直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任。

三、民事责任层面：需承担赔偿或恢复原状责任

若违规决策导致专项资金损失，决策者或单位可能需承担民事赔偿责任：

1. 对第三方赔偿：如因资金违规使用导致合同相对方（如施工单位）损失，需按合同约定赔偿；
   
2. 对公共利益赔偿：若资金用于民生项目（如扶贫、环保），违规使用可能需向受损群体或社会公众承担赔偿责任；
   
3. 恢复原状：财政部门可要求违规单位返还资金，并恢复资金原定用途。

四、整改与追责并重：后续处理措施

除法律责任外，违规决策使用专项资金还需承担以下后果：

1. 审计整改：审计部门将责令限期整改，并跟踪复查；
   
2. 信用惩戒：违规单位可能被列入财政资金使用“黑名单”，影响后续资金申请；
   
3. 政策调整：相关部门可能收紧专项资金审批权限，或要求完善决策机制（如引入第三方监督、增加公众参与环节）。

建议行动：
若您涉及专项资金使用决策，务必严格遵守法定程序和用途限制；若发现违规行为，应立即向财政、审计部门报告，并配合调查。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我将结合细节提供针对性法律意见。