对于专项资金违规收费的处理，需根据违规主体、性质及后果采取不同措施，具体如下：

1. 行政责任层面
   若违规主体为行政机关或事业单位，可能涉及《财政违法行为处罚处分条例》第六条、第七条规定的情形，如“截留、挪用财政资金”或“违规收取费用”。处理方式包括：

   • 责令改正，退还违规收取的费用；
     
   • 对单位给予警告或通报批评，对直接负责的主管人员和其他责任人员依法给予处分（如警告、记过、降级等）；
     
   • 涉及金额较大的，可能面临罚款（如违规金额10%-50%的罚款）。
     

2. 刑事责任层面
   若违规行为构成犯罪（如贪污罪、挪用公款罪、滥用职权罪等），需依法追究刑事责任。例如：

   • 国家工作人员利用职务便利，将专项资金非法占为己有，数额较大的，可能构成贪污罪（《刑法》第三百八十二条）；
     
   • 挪用专项资金归个人使用或进行营利活动，数额较大且未归还的，可能构成挪用公款罪（《刑法》第三百八十四条）。
     

3. 民事责任层面
   若违规收费导致他人财产损失（如企业因违规收费多支付成本），受损方可依据《民法典》第一百二十二条要求返还财产，或通过民事诉讼主张赔偿。例如：

   • 行政机关违规收费后，企业可申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销收费决定并退还款项；
     
   • 若收费行为涉及合同纠纷（如服务合同中违规加收费用），可依据《民法典》合同编主张违约责任。
     

4. 合规整改与监督

   • 违规单位需建立专项资金管理制度，明确资金使用范围、审批流程及监督机制；
     
   • 财政、审计部门应加强对专项资金的定期检查，对发现的问题及时督促整改；
     
   • 公众可通过举报渠道（如12345热线、财政部门官网）参与监督，形成社会共治格局。
     

建议：若您或您的单位涉及专项资金违规收费问题，需第一时间梳理资金流向、收费依据及责任人员，评估法律风险后制定应对方案。如有具体案例或细节需要分析，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供进一步指导。