若起诉公司但对方不承认是他们公司收的钱，这通常不会影响诉讼的进行，但可能会增加原告的举证难度，具体法律后果和应对策略如下：
一、法律后果
诉讼继续进行：
- 即使被告公司不承认收款，只要原告能够提供初步证据表明与被告公司存在交易关系或资金往来，法院仍会受理并继续审理案件。
举证责任转移与加重：
- 在民事诉讼中，一般遵循“谁主张，谁举证”的原则。若被告公司否认收款，原告需要承担更重的举证责任，以证明资金确实流向了被告公司，且该资金与被告公司的业务或合同有关。
可能影响判决结果：
- 如果原告无法提供充分证据证明被告公司收款，法院可能会因证据不足而驳回原告的诉讼请求。
二、应对策略
收集并保存证据：
- 转账记录：保留所有与交易相关的转账记录，包括银行转账凭证、电子支付记录等，这些记录应清晰显示收款方信息。
- 合同或协议：如果交易是基于合同或协议进行的，应保存好这些文件，以证明双方之间的交易关系。
- 沟通记录：保存与被告公司沟通的记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，这些记录可能包含被告公司承认收款的证据。
- 证人证言：如果有目击者或知情人士，可以请他们提供证言，以支持原告的诉求。
申请法院调查取证：
- 如果原告确实无法自行获取关键证据，可以向法院申请调查取证。法院有权要求被告公司提供相关财务记录或银行流水，以查明资金流向。
利用法律程序进行质证和辩论：
- 在庭审过程中，原告应充分利用法律程序进行质证和辩论，对被告公司的否认进行有力反驳。可以邀请专家证人或会计师对财务记录进行解读和分析，以证明资金确实流向了被告公司。
考虑其他法律途径：
- 如果直接起诉被告公司存在困难，原告还可以考虑其他法律途径，如申请财产保全、提起刑事附带民事诉讼等，以维护自己的合法权益。
三、实际操作建议
- 及时咨询专业律师：在面临此类纠纷时，及时咨询专业律师是非常重要的。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和策略，帮助原告更好地维护自己的权益。
- 保持冷静和理性：在诉讼过程中，保持冷静和理性是非常关键的。不要因为被告公司的否认而情绪失控或采取过激行为，这可能会对自己的诉讼造成不利影响。
若您遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和策略。