结论：在诈骗案件中，若诈骗所得的钱被用于支付车辆首付，车辆是否可以被扣押取决于多个因素，包括车辆的所有权归属、是否涉及善意第三人以及司法机关的侦查和追赃程序等。以下是对这些因素的详细分析：
车辆所有权归属：
- 如果车辆已经登记在诈骗者名下，且诈骗行为被证实，那么该车辆作为诈骗所得的财物，理论上是可以被司法机关扣押的。因为根据法律规定，诈骗所得的财物应当予以追缴或者责令退赔。
- 如果车辆尚未完成过户登记，或者存在其他权属争议，那么扣押车辆前需要解决这些权属问题。司法机关会进行调查，以确定车辆的实际所有权归属。
善意第三人问题：
- 如果车辆已经被诈骗者出售给了一个不知情的善意第三人，并且该第三人已经支付了合理对价并取得了车辆的所有权，那么根据法律规定，该车辆可能不受追缴或扣押的影响。因为善意第三人的权益应当得到保护，他们不应因诈骗者的行为而遭受损失。
- 然而，如果司法机关能够证明第三人在购买车辆时存在过错（如明知或应知车辆来源非法），或者车辆的价格明显低于市场价，那么该车辆仍可能被视为诈骗所得的财物而被扣押。
司法机关的侦查和追赃程序：
- 在诈骗案件中，司法机关会进行侦查活动，以收集证据、查明事实并追缴赃款赃物。如果车辆被认定为诈骗所得的财物，并且符合扣押条件，那么司法机关会依法进行扣押。
- 扣押车辆后，司法机关会进行进一步的调查和评估，以确定车辆的价值和是否应纳入追缴范围。如果车辆价值较高且确实属于诈骗所得，那么它可能会被拍卖或变卖以弥补受害人的损失。
法律建议：
- 如果您是诈骗案件的受害人，并且怀疑诈骗者使用诈骗所得的钱购买了车辆，建议您及时向司法机关报案并提供相关证据。司法机关会依法进行侦查和追赃工作，以保护您的合法权益。
- 如果您是车辆的所有权人或善意第三人，并且担心车辆可能被扣押，建议您咨询专业律师以了解您的权益和可能的法律后果。律师可以根据您的具体情况提供法律建议和帮助您维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果车辆被认定为诈骗所得的财物并被扣押，那么您可能需要配合司法机关的调查和追赃工作。如果车辆最终被拍卖或变卖以弥补受害人的损失，您可能会因此遭受一定的经济损失。
- 如果您作为善意第三人购买了车辆并因此遭受损失，您可以根据法律规定向诈骗者或相关责任方追偿。然而，这需要您提供充分的证据来证明您的善意购买行为和遭受的损失。
总之，在诈骗案件中，车辆是否可以被扣押取决于多个因素。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。