当遇到合同金额和发票金额不一致的情况时，为了清晰、准确地解释这种差异并避免潜在的财务、税务风险及法律纠纷，您可以按照以下结构和要点来撰写一份不一致说明：
关于[合同编号或名称]与发票[发票号码]金额不一致的说明
致：[接收方名称或单位]
尊敬的[接收方名称或单位]：
首先，我们简要回顾一下合同与发票的基本情况。本合同编号为[合同编号]，由[合同签订双方名称]于[合同签订日期]签订，合同总金额为[合同总金额]。而对应的发票号码为[发票号码]，开具日期为[发票开具日期]，发票金额为[发票金额]。
在核对过程中，我们发现合同金额与发票金额存在不一致，具体差异为[具体差异金额]。现就这一不一致情况，我们进行如下详细说明：
一、合同与发票基本情况
合同情况：
发票情况：
二、不一致情况描述
经仔细核对，我们发现合同金额与发票金额在[具体方面，如金额大小写、商品或服务数量、单价等]存在不一致。具体差异为合同金额[合同金额]与发票金额[发票金额]之间相差[具体差异金额]。
三、原因分析及处理措施
原因分析：
处理措施：
四、后续保障措施
为防止类似问题再次发生，我们将采取以下长期措施：
五、结语
我们对因合同金额与发票金额不一致给贵方带来的不便深表歉意，并恳请贵方能够理解并支持我们的工作。如有任何疑问或需要进一步的协助，请随时与我们联系。我们将竭诚为贵方提供优质的服务和支持。
此致 敬礼！
[您的单位名称] [您的职位] [您的姓名] [联系电话] [电子邮箱] [日期] （加盖公章）
希望这份说明能够帮助您清晰、准确地解释合同金额与发票金额不一致的情况，并采取有效措施解决问题。如果涉及复杂情况或法律纠纷，建议您咨询专业律师以获取更详细的法律意见和帮助。