若检察院认为道路交通事故认定书不对，交警部门可以采取以下措施来应对和处理：

1. 接受复核申请并重新审查：

   • 根据《道路交通事故处理程序规定》，当事人（在此情境下，可理解为检察院作为监督机关提出的类似复核请求的间接体现，实际中多由事故当事人直接申请，但原理相同）对交通事故认定书有异议的，可以在规定时间内向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。虽然直接申请主体通常是事故当事人，但若检察院提出类似意见，交警部门应视为对认定书的监督，并主动或配合上级部门进行重新审查。
   • 交警部门应配合上级部门的复核工作，提供完整的案卷材料、现场勘查记录、证人证言等证据，以便上级部门全面审查认定书的事实清晰度、证据确实充分性、适用法律正确性、责任划分公正性以及认定程序合法性。

2. 根据复核结果采取相应行动：

   • 若复核维持原认定：交警部门可继续依据原认定书进行后续处理，如调解、处罚或移送司法机关等。
   • 若复核责令重新调查、认定：交警部门应立即重新开展调查工作，收集新的证据，重新制作交通事故认定书，并确保新认定书的事实清楚、证据确实充分、适用法律正确、责任划分公正、程序合法。

3. 在民事诉讼中应对异议：

   • 若事故当事人或检察院（在特定法律程序中，如作为公益诉讼原告等）在民事诉讼中对交通事故认定书提出异议，交警部门（或其上级部门，视具体诉讼角色而定）应积极应诉，提供证据支持原认定书的准确性。
   • 交警部门应准备充分的证据材料，如事故现场照片、视频监控、目击证人证言、车辆检验报告等，以证明原认定书的事实基础和法律依据。
   • 在法庭上，交警部门应详细阐述认定书的制作过程、依据和理由，回应对方当事人的质疑和异议。

4. 加强内部监督和培训：

   • 交警部门应加强对事故认定工作的内部监督，确保认定书的制作过程符合法律法规和程序要求。
   • 定期组织培训活动，提高交警的事故处理能力和法律素养，减少认定书出错的可能性。

法律背景与建议：

• 法律背景：道路交通事故认定书是公安机关交通管理部门根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作的作为处理交通事故证据的法律文书。它载明了交通事故的基本事实、成因和当事人的责任，对事故的处理和赔偿具有重要影响。
• 建议：交警部门在制作交通事故认定书时，应严格遵守法律法规和程序要求，确保认定书的事实清楚、证据确实充分、适用法律正确、责任划分公正、程序合法。同时，应积极应对复核申请和民事诉讼中的异议，提供充分的证据支持原认定书的准确性。若发现认定书存在错误或不当之处，应及时纠正并重新制作认定书，以维护当事人的合法权益和法律的公正性。

可能后果：

• 若交警部门未能及时、正确地应对检察院或当事人的异议，可能导致认定书被撤销或更正，进而影响事故的处理和赔偿结果。
• 交警部门还可能因认定书制作不当而面临行政责任或民事责任的风险，如被上级部门通报批评、承担赔偿责任等。

因此，交警部门应高度重视交通事故认定书的制作工作，确保认定书的准确性和合法性，以维护当事人的合法权益和法律的公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。