合同三年期中履约保证金的计算需根据合同具体约定及法律规定综合判断，核心结论如下：

1. 若合同明确约定了履约保证金的计算方式
   直接按合同条款执行。例如：

   • 固定比例：合同总金额的5%-20%（常见比例，但需以合同为准）；
     
   • 阶梯式计算：根据履约进度分阶段退还或扣减；
     
   • 特定金额：直接约定具体数额（如“乙方需缴纳10万元履约保证金”）。
     注意：若合同条款显失公平（如保证金过高），可依据《民法典》第497条主张部分无效，但需通过诉讼或仲裁确认。

2. 若合同未约定履约保证金计算方式
   需结合行业惯例、交易目的及公平原则综合判断：

   • 行业惯例：部分行业（如建设工程、采购合同）有通用标准，可参考同类合同范本；
     
   • 交易目的：保证金应与合同风险匹配（如长期合同可能需更高保证金以覆盖履约风险）；
     
   • 公平原则：保证金数额不得超过主合同标的额的20%（参考《民法典》担保制度解释），超出部分可能被认定无效。

3. 履约保证金的调整与退还规则

   • 调整情形：若合同履行过程中出现重大变更（如标的额增加），可协商调整保证金数额；
     
   • 退还条件：通常需满足“合同履行完毕且无违约”这一核心条件，部分合同可能约定分期退还（如每年退还1/3）；
     
   • 违约处理：若一方违约，保证金可能被没收或部分扣减，但需在合同中明确约定扣减规则（如“逾期交货每日扣减保证金1%”）。

建议：

• 签订合同前，务必明确保证金条款（计算方式、调整机制、退还条件）；
  
• 若对条款存疑，可要求对方提供法律依据或行业案例支持；
  
• 履行过程中保留相关证据（如付款凭证、验收报告），以备争议时使用。
  

如有具体合同条款或场景需要分析，可直接向我提供详细信息，我会进一步解答。