合同无效时，双方合作已发生的费用并不必然全部取消或退还，而是需要根据具体情况进行判断和处理。以下从不同角度进行分析：

1. 合同无效的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，合同无效后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

2. 费用处理的原则：

   • 返还原则：如果合作已发生的费用属于因合同取得的财产，且能够返还，那么应当予以返还。例如，如果一方已经支付了预付款或定金，且这些款项尚未用于合作项目，那么这些款项应当返还给支付方。
   • 折价补偿原则：如果费用已经转化为合作项目的成果或无法直接返还，如已经消耗的材料、已经提供的服务等，那么应当根据实际情况进行折价补偿。这通常需要根据合作项目的进展、双方的贡献、损失的大小等因素进行综合判断。
   • 过错责任原则：如果合同无效是由于一方的过错导致的，那么有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。如果双方都有过错，那么应当各自承担相应的责任。这意味着，在处理费用时，需要考虑双方的过错程度，并据此分配责任。

3. 具体情境下的费用处理：

   • 如果合同无效是由于一方欺诈、胁迫或恶意串通导致的：那么有过错的一方应当承担全部或主要责任，包括返还或补偿对方因合作已发生的费用。
   • 如果合同无效是由于双方共同过错导致的：如双方对合同条款的理解存在歧义或误解，且均未尽到合理的注意义务，那么双方应当根据各自的过错程度分担费用。
   • 如果合同无效是由于不可抗力或意外事件导致的：如自然灾害、政府行为等，那么双方可能需要根据实际情况协商处理费用，或者根据公平原则进行分担。

4. 实际操作建议：

   • 在处理合同无效后的费用问题时，建议双方首先进行协商，尝试达成一致意见。如果协商不成，可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。
   • 如果涉及金额较大或争议复杂，建议咨询专业律师，以便更准确地评估法律风险和制定应对策略。

总结来说，合同无效时，双方合作已发生的费用并不必然全部取消或退还。而是需要根据具体情况，如合同无效的原因、双方的过错程度、费用的性质等，进行综合判断和处理。如果双方无法自行协商解决，建议寻求法律途径来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。