结论：三方协议与总部签订，而劳动合同与子公司签订，这种做法在法律上是可行的，但具体是否合适需根据实际情况和协议内容来判断。以下从多个角度进行分析：
一、法律层面分析
三方协议与劳动合同的独立性：
- 三方协议，通常涉及毕业生、学校和用人单位三方，主要用于明确毕业生就业意向和用人单位接收意向，它并非劳动合同，不直接受《劳动合同法》的调整。
- 劳动合同则是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，直接受《劳动合同法》的调整。
签订主体的合法性：
- 三方协议与总部签订，意味着总部作为用人单位一方，与毕业生和学校达成了就业意向。
- 劳动合同与子公司签订，则表明实际建立劳动关系的是子公司与劳动者。这种安排在法律上并不禁止，只要子公司具备独立的法人资格，且劳动合同内容合法合规。
二、实际操作中的注意事项
协议与合同内容的一致性：
- 尽管三方协议和劳动合同可以分别与总部和子公司签订，但应确保两者在关键条款上（如工作岗位、工作地点、薪资待遇等）保持一致或至少不产生冲突。
- 若三方协议中约定的内容与劳动合同存在显著差异，可能引发纠纷，劳动者有权要求按照更有利于自己的条款执行。
子公司的独立法人资格：
- 子公司必须具备独立的法人资格，才能作为劳动合同的一方主体。若子公司不具备独立法人资格，则劳动合同可能被视为无效，劳动者的权益可能无法得到保障。
劳动者的知情权与选择权：
- 劳动者在签订三方协议和劳动合同时，应充分了解并行使自己的知情权与选择权。对于与子公司签订劳动合同的情况，劳动者有权了解子公司的基本情况、劳动条件等，并据此作出是否签订的决定。
三、可能引发的法律后果
若协议与合同内容冲突：
- 如前所述，若三方协议与劳动合同在关键条款上存在冲突，可能引发纠纷。此时，劳动者有权要求按照更有利于自己的条款执行，或通过法律途径解决争议。
若子公司不具备独立法人资格：
- 若子公司不具备独立法人资格，则劳动合同可能被视为无效。此时，劳动者可能无法依据劳动合同主张自己的权益，而需要依据其他法律规定（如《民法典》中的相关规定）来维护自己的合法权益。
建议：在签订三方协议和劳动合同时，务必仔细阅读协议和合同内容，确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律意见。