土地承包合同纠纷的管辖法院，原则上由不动产（即土地）所在地的人民法院专属管辖。不过，具体确定管辖法院时，还需考虑合同中的管辖协议以及合同双方的具体情况。以下是对这一问题的详细分析：

一、专属管辖原则

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条的规定，农村土地承包经营合同纠纷属于因不动产提起的诉讼，应由不动产（即承包土地）所在地人民法院专属管辖。这一规定旨在便于法院进行实地勘查，了解实际情况，确保案件的公正、高效审理。

• 不动产所在地的确定：
  • 如承包土地已登记，则以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地。
  • 如承包土地未登记，则以土地实际所在地为不动产所在地。

二、合同中的管辖协议

虽然土地承包合同纠纷原则上按不动产纠纷专属管辖，但若合同当事人之间存在合法有效的管辖协议，且该协议不违反级别管辖和专属管辖的规定，则可按协议确定管辖法院。不过，由于土地承包合同纠纷的特殊性，实践中这种情况相对较少。且管辖协议不得违反专属管辖的规定，即不得约定由不动产所在地以外的法院管辖，否则该约定无效。

三、无管辖协议时的处理

当合同中没有明确约定管辖法院时，原告可选择向被告住所地或合同履行地（即土地承包地）的法院提起诉讼。不过，在土地承包合同纠纷中，由于专属管辖原则的存在，通常应直接向土地所在地法院提起诉讼。

四、特殊情况下的管辖

• 农村土地承包经营合同纠纷的特殊性：
  • 此类纠纷的管辖原则不受合同双方是否为本集体经济组织成员的影响，均遵循上述专属管辖规则。
  • 在实际诉讼过程中，可能会涉及特定的前置程序，如先由相关的农村土地承包仲裁机构进行仲裁，对仲裁结果不服的方可向有管辖权的人民法院提起诉讼。

五、法律建议

• 明确管辖地：在签订土地承包合同时，双方应明确约定管辖法院（尽管在专属管辖原则下，此类约定可能无效，但明确约定有助于减少争议）。若未约定，则应了解并遵循专属管辖原则，向土地所在地法院提起诉讼。
• 选择合适的纠纷解决方式：除了诉讼外，当事人还可以选择调解、仲裁等争议解决方式。这些方式通常更加灵活快捷，有助于当事人达成互利共赢的解决方案。
• 注意诉讼时效：土地承包合同纠纷的诉讼时效一般为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。超过诉讼时效的，人民法院可能不予保护。因此，当事人应及时行使自己的权利，以维护自身合法权益。

综上所述，土地承包合同纠纷的管辖法院确定需遵循专属管辖原则，并考虑合同中的管辖协议以及合同双方的具体情况。在无协议或协议无效的情况下，应直接向土地所在地法院提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。