结论：仅因加油站有款项往来，对方写了借条后起诉对方借款，借条是否有效需分情况讨论，不能一概而论。以下为具体分析：

1. 若款项实际为借款性质
   • 借条有效：如果加油站与对方之间的款项往来本质就是借款，比如对方因资金周转困难向加油站借款，加油站将相应款项交付给对方，对方出具借条，这种情况下借条是双方真实意思表示，不违反法律法规的强制性规定，是合法有效的。一旦对方不按照借条约定还款，加油站凭借借条以及相关的转账记录等证据起诉对方，法院一般会支持加油站的诉求，判决对方偿还借款本金及相应利息（如果有约定利息且符合法律规定的话）。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第六百六十七条规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。第六百七十九条规定，自然人之间的借款合同，自贷款人提供借款时成立。
2. 若款项实际并非借款性质
   • 借条可能无效或部分无效
     • 情况一：款项为其他法律关系产生：如果加油站与对方之间的款项往来是基于其他法律关系，比如买卖合同关系（加油站向对方销售油品，对方未及时付款而写了借条）、租赁合同关系等，此时借条所记载的内容与实际的法律关系不符。在这种情况下，借条不能真实反映双方的权利义务关系。如果加油站以借条为依据起诉对方借款，对方可以提出抗辩，主张该款项并非借款，而是基于其他法律关系产生的债务。法院会根据双方提供的证据，查明实际的法律关系，按照相应的法律规定进行判决。例如，如果是买卖合同纠纷，就按照买卖合同的法律规定来处理，判决对方支付货款而不是偿还借款。
     • 情况二：存在欺诈、胁迫等情形：如果借条是在对方受到欺诈、胁迫等情况下出具的，并非对方的真实意思表示，那么该借条是可撤销的。受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。一旦借条被撤销，就自始没有法律约束力，加油站以该借条起诉对方借款，法院不会支持其诉求。例如，加油站以不正当手段威胁对方，迫使对方写下借条，对方可以在法定期限内行使撤销权。
     • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百四十八条规定，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。第一百五十条规定，一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

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