结论：公司因小事扣钱，底薪2500一次扣50的行为是否合法，需根据具体情况判断，若公司扣款行为缺乏合法依据或违反相关法律规定，则不合法。以下从不同角度进行分析：
一、公司扣款行为的合法性依据
劳动合同或规章制度：
- 公司扣款应当有明确的依据，这通常来源于劳动合同中的约定或公司依法制定的规章制度。如果劳动合同或规章制度中明确规定了因员工违反某些规定或造成公司损失时可以扣款，且该规定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么公司扣款行为可能是合法的。
- 关键点：规章制度必须经过民主程序制定，且已向员工公示或告知，否则可能因程序瑕疵而被认定为无效。
法律法规：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 应用：若公司扣款是因为员工造成了经济损失，且扣款金额未超过员工当月工资的20%，同时扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准，则扣款行为可能合法。但在此案例中，底薪2500，一次扣50，虽未超过20%的比例限制，但还需考虑是否因员工本人原因造成损失，以及公司是否有合法依据进行扣款。
二、公司扣款行为可能存在的问题
扣款理由不充分：
- 如果公司扣款并非因为员工造成了经济损失，或者扣款理由与实际情况不符，那么扣款行为可能缺乏合法依据，从而构成违法。
扣款金额不合理：
- 即使公司有权扣款，扣款金额也应当合理。如果扣款金额过高，或者与员工造成的损失不成比例，那么扣款行为可能被视为不合理，从而构成违法。在此案例中，虽然一次扣50元看似不多，但如果频繁扣款或扣款理由不充分，也可能引发争议。
违反最低工资标准：
- 根据法律规定，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果公司扣款后员工的工资低于这一标准，那么扣款行为将构成违法。
三、建议与措施
与公司沟通：
- 首先，建议员工与公司进行沟通，了解扣款的具体原因和依据。如果公司无法提供合法依据或解释不合理，员工可以进一步采取措施维护自己的权益。
向劳动监察部门投诉：
- 如果公司扣款行为涉嫌违法，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门将对公司进行调查，并根据调查结果作出相应的处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果员工与公司之间的争议无法通过沟通或投诉解决，员工还可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。
总结：公司因小事扣钱的行为是否合法，需根据具体情况判断。如果公司扣款行为缺乏合法依据或违反相关法律规定，则不合法。员工在遇到此类情况时，应首先与公司沟通了解原因和依据，必要时可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。