针对您提出的“发票增额的合同和最终合同不一致怎么办”这一问题，这确实是一个需要细致处理的情况，因为合同与发票在金额等关键信息上的一致性对于商业交易的合法性和财务处理的准确性至关重要。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确不一致的原因
首先，您需要详细分析发票增额与最终合同金额不一致的具体原因。这可能包括但不限于：
- 商业折扣或销售折让：在合同执行过程中，双方可能协商给予了一定的折扣或折让，导致发票金额小于原合同金额。
- 业务分阶段完成：如果业务是分阶段完成的，发票可能是根据每个阶段的完成情况开具的，因此可能与最终合同金额存在差异。
- 误操作或系统错误：在开具发票或签订合同时，可能由于人为误操作或系统错误导致金额不一致。
- 价款计算方式理解差异：双方对价款计算方式的理解可能存在差异，导致实际开具的发票金额与合同金额不符。
二、采取适当的处理方式
根据不一致的原因，您可以采取以下处理方式：
发票金额小于合同金额：
- 协商补开发票：如果是因为商业折扣或业务分阶段完成导致的，您应与对方沟通，要求按合同约定补开发票。
- 签订补充协议：对于合理的折扣或折让，双方可以签订补充协议，明确差异原因及处理方式，以避免后续纠纷。
- 调整合同金额：如果经协商认为原合同金额需要调整，应签订变更协议，将合同金额与发票金额一致化。
发票金额大于合同金额：
- 要求重开发票：您应立即联系对方，说明情况并要求重新开具正确金额的发票，同时作废或冲红原发票。
- 核实业务情况：双方需全面核实业务，明确发票金额偏大的原因。如果是因为价款计算方式分歧，应重新协商确定正确价款。
- 防范税务风险：双方应密切关注税务影响，避免因发票金额与合同金额不符而产生的税务风险。
三、出具不一致说明
为了降低潜在的法律风险和财务纠纷，您还应出具一份清晰、准确的说明来解释这种差异。说明应包括以下内容：
- 标题：明确命名为“关于[合同编号或名称]与发票[发票号码]不一致的说明”。
- 主送单位：明确指出接收该说明的对象，如合作方、税务机关等。
- 引言：简述合同与发票的基本情况，包括合同签订双方、合同编号、发票号码、签订及开具日期等。明确指出存在的不一致问题，并概述说明的目的。
- 不一致情况描述：具体说明合同与发票在哪些方面存在不一致，如金额、货物或服务名称、数量等。提供详细的数据对比，以便接收方快速理解问题的本质。
- 原因分析及处理措施：深入剖析导致不一致的原因，并提出具体的解决方案。明确预计完成时间，并承诺将按照相关规定和解决方案妥善处理问题。
- 后续保障措施：描述为防止类似问题再次发生所采取的长期措施，如完善审核流程、加强员工培训等。
- 结语：表达对接收方理解和支持的感谢，并提供联系方式以便接收方在有任何疑问或需要进一步协助时能够及时联系。
- 落款：说明出具单位的名称、日期，并加盖公章以确保说明的正式性和法律效力。
四、法律途径
如果双方无法就合同价与发票金额不一致的问题协商一致，您可以考虑通过法律途径解决。在此之前，应充分收集证据，评估诉讼或仲裁的可行性和成本效益。申请仲裁或提起诉讼时，需确保提交的材料完整、准确，以维护自身合法权益。
总之，处理发票增额的合同和最终合同不一致的问题需要细致、谨慎和专业的态度。通过明确问题原因、采取适当的处理方式、出具不一致说明以及必要时寻求法律途径，您可以有效降低由此产生的法律风险和财务纠纷。