安全文明施工费是可以在进度款中支付的，但具体支付方式、比例和时机需严格遵循国家及地方相关法律法规，并在施工合同中明确约定。以下是对此问题的详细解答：
一、法规依据与专款专用原则
根据《建设工程安全生产管理条例》、《建筑法》、《安全生产法》等相关法律法规，安全文明施工费是专项用于施工现场安全与文明施工的经费，必须确保足额投入且专款专用，不得挪作他用。这一原则确保了施工现场的安全与文明施工得到有力保障。
二、支付比例与时机
预付款支付：
- 工程开工前，建设单位应按不低于当年施工进度计划的安全文明施工费总额的一定比例（通常为30%-60%，具体比例由双方协商确定）向施工单位支付预付款。这一步骤为施工单位提供了初始的资金支持，确保其能够及时开展安全文明施工工作。
进度款同步支付：
- 随着工程进度的推进，安全文明施工费应按照已完工程进度款同期支付。即施工单位完成一定工程量并获得进度款时，安全文明施工费应按相应比例同步支付。这种支付方式确保了安全文明施工费与工程进度紧密挂钩，及时反映了施工现场的实际需求。
合同约定支付：
- 发承包双方应在施工合同中明确安全文明施工费的总额、支付方式、支付时间等具体内容。合同中的约定应详细、明确，并确保双方协商一致。这样，在支付过程中就能有明确的依据，减少争议和纠纷。
三、实际操作中的注意事项
明确约定支付条款：
- 为确保费用及时到位，双方应在合同中明确安全文明施工费的支付比例、支付节点以及支付方式等关键条款。这些条款应具体、可操作，以便在支付过程中能够顺利执行。
合规施工与费用使用：
- 承包人应确保按照合同约定和相关规定进行安全文明施工，并合理使用安全文明施工费。同时，应建立健全的管理制度，确保费用流向清晰可查，并接受建设单位或监理单位的监督和检查。
权益保障与争议解决：
- 如建设单位未按规定或合同约定支付安全文明施工费，施工单位有权发出要求付款的通知。若建设单位接到通知后仍不能按要求付款，双方可协商签订延期付款协议。若既不支付又不签订延期付款协议，施工单位有权停止施工以保护自身权益。在争议解决方面，双方应通过友好协商解决；协商不成的，可依据合同约定通过诉讼或仲裁等方式解决。
四、建议
在处理安全文明施工费支付问题时，建议双方仔细审查合同条款，并与对方充分沟通。如有需要，可寻求专业律师的帮助来提供法律意见和支持。同时，双方应共同维护良好的施工秩序和安全环境，确保工程项目的顺利进行。
综上所述，安全文明施工费是可以在进度款中支付的，但需严格遵循相关法律法规和合同约定。通过明确支付条款、合规施工与费用使用以及保障双方权益等措施，可以确保安全文明施工费的及时支付和合理使用。