被国内列为犯罪嫌疑人后回国，海关在多数情况下是会知道的。以下从几个角度为你详细分析：
信息共享机制：
- 在国内，一旦某人被列为犯罪嫌疑人，其相关信息通常会被录入公安系统的数据库。这些数据库与海关等边境管理机构是联网的，以便在必要时进行信息共享和查询。因此，当犯罪嫌疑人试图通过海关回国时，海关系统很可能会自动识别并标记出该人员的信息。
边境检查流程：
- 海关在边境检查时，会对入境人员的身份信息进行严格核对。这包括但不限于护照、签证、指纹等生物识别信息。如果犯罪嫌疑人的信息已经被录入系统，海关工作人员在核对过程中就会发现异常，并可能采取进一步的措施，如扣留、询问或通知相关部门。
国际合作与通报：
- 在某些情况下，如果犯罪嫌疑人涉及跨国犯罪或国际刑警组织（Interpol）已经发出红色通缉令，那么该嫌疑人的信息不仅会在国内被共享，还会在国际层面上被通报。这意味着，无论犯罪嫌疑人逃往哪个国家，当地的海关或边境管理机构都可能根据国际通报的信息将其识别并采取相应措施。
例外情况与应对措施：
- 当然，也存在一些例外情况，比如犯罪嫌疑人的信息尚未被及时录入系统，或者海关系统出现故障等。但这些情况相对较少见。如果犯罪嫌疑人担心回国后可能面临的问题，建议主动与国内相关部门联系，了解自己的法律状况，并寻求合法的解决方案。
法律建议：
- 如果你或你认识的人被列为犯罪嫌疑人，并计划回国，建议先咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。
- 在回国前，尽量与国内相关部门沟通，了解案件进展和可能的处理方式，以便做好充分的准备。
- 如果担心海关检查时可能遇到的问题，可以提前准备好相关证明文件或解释材料，以便在需要时向海关工作人员说明情况。
可能后果：
- 如果犯罪嫌疑人回国后被海关识别并扣留，可能会面临进一步的法律调查和审判。
- 根据案件的严重程度和犯罪嫌疑人的态度，可能会面临不同的法律后果，包括但不限于罚款、拘留、有期徒刑等。
总之，被国内列为犯罪嫌疑人后回国，海关在多数情况下是会知道的。因此，建议犯罪嫌疑人或相关人士在回国前做好充分的准备和咨询工作，以便更好地应对可能出现的法律问题。如果你有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。