关于小区居委会首任业主代表大会筹备组组长由政府部门指定人员担任是否合法的问题，这主要取决于具体的法律法规以及地方性规定，但通常情况下，这种做法可能并不完全符合一般的法律原则和自治精神，不过也存在特定情形下的合法性。以下从几个角度进行分析：

1. 自治原则角度：

   • 小区业主大会及其筹备组是业主自治的重要体现，其成员通常应由业主选举或协商产生，以体现业主的意愿和利益。如果筹备组组长由政府部门直接指定，可能违背了业主自治的原则，不利于业主权益的保护和小区的有效管理。

2. 法律法规角度：

   • 具体的法律法规可能因地区而异，但一般来说，业主大会的筹备和召开应遵循相关法律法规的规定。如果法律法规明确规定了筹备组成员的产生方式，且未授权政府部门直接指定，那么政府部门指定人员担任筹备组组长的做法就可能缺乏法律依据。
   • 例如，某些地区的物业管理条例可能规定，筹备组由业主代表、建设单位代表、街道办事处或乡镇人民政府代表等组成，且业主代表应通过业主大会会议选举产生。在这种情况下，政府部门直接指定筹备组组长就可能不符合规定。

3. 特定情形下的合法性：

   • 尽管一般情况下政府部门直接指定筹备组组长可能不合法，但在某些特定情形下，如小区业主之间存在严重分歧、无法自行组织筹备组时，政府部门可能根据相关法律法规或地方性规定，采取必要的措施来协助业主组织筹备组，包括指定临时负责人等。然而，这种指定通常应是暂时的、辅助性的，且应尽快通过业主大会或业主代表会议等合法程序来确认或更换。

4. 建议与后果：

   • 如果业主对政府部门指定筹备组组长的做法有异议，可以通过合法途径表达诉求，如向相关部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等。
   • 同时，业主也应积极参与小区事务的管理和决策，通过选举或协商产生合法的筹备组成员和组长，以维护自身的合法权益和小区的和谐稳定。

总结来说，小区居委会首任业主代表大会筹备组组长由政府部门指定人员担任是否合法，需根据具体的法律法规和地方性规定来判断。在一般情况下，这种做法可能违背了业主自治的原则和法律法规的规定；但在特定情形下，如业主之间存在严重分歧无法自行组织时，政府部门可能采取必要的辅助措施。无论如何，业主都应积极参与小区事务的管理和决策，以维护自身的合法权益。如果您对此有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。