结论前置：拆迁协议签了三年后，若发现拆迁款给多了，政府能否要回需分情况讨论，主要取决于拆迁协议的性质、是否存在重大误解或显失公平，以及是否超过法定诉讼时效。以下是对此问题的详细分析：
一、拆迁协议的性质与效力
拆迁协议，作为双方自愿达成的民事合同，一旦签订并生效，即具有法律约束力。这意味着，除非存在法定或约定的解除条件，否则双方均应按照协议内容履行各自义务。若协议中明确约定了拆迁款的金额，且该金额是双方真实意思表示，那么政府在支付后，一般无权单方面要求返还。
二、重大误解或显失公平的情形
然而，如果拆迁协议的签订过程中存在重大误解或显失公平的情形，政府可能有权要求撤销或变更协议，进而要求返还多支付的拆迁款。
重大误解：指一方因对合同的重要内容产生错误认识，而基于该错误认识签订了合同。若政府在签订拆迁协议时，对拆迁范围、补偿标准等关键信息存在误解，导致支付了过多的拆迁款，且该误解在签订时即已存在，政府可能有权要求撤销或变更协议。
显失公平：指一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的。若拆迁协议中的补偿标准明显低于市场价值，或政府利用自身优势地位迫使被拆迁人接受不合理的补偿条件，导致政府支付了过多的拆迁款，政府同样可能有权要求撤销或变更协议。
三、诉讼时效的限制
即使政府有权要求撤销或变更拆迁协议，也需注意诉讼时效的限制。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，撤销权的行使期限为一年，自知道或者应当知道撤销事由之日起计算。若政府在签订拆迁协议后三年才发现拆迁款给多了，且未在一年内行使撤销权，则可能因超过诉讼时效而丧失该权利。
四、实际操作中的建议
核查协议内容：政府应首先核查拆迁协议的具体内容，确认是否存在重大误解或显失公平的情形。
收集证据：若政府认为存在可撤销或变更协议的情形，应尽快收集相关证据，如签订协议时的会议记录、谈判记录、评估报告等。
咨询专业律师：由于拆迁协议涉及复杂的法律关系和利益纠葛，政府在决定是否要求返还多支付的拆迁款前，应咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到妥善维护。
协商解决：在可能的情况下，政府可以与被拆迁人进行协商，寻求双方都能接受的解决方案，以避免不必要的法律纠纷。
总结来说，拆迁协议签了三年后，若发现拆迁款给多了，政府能否要回需根据具体情况判断。若存在重大误解或显失公平的情形，且未超过诉讼时效，政府可能有权要求撤销或变更协议并返还多支付的拆迁款。但无论如何，政府在处理此类问题时都应谨慎行事，并咨询专业律师的意见。若您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。