首先，关于“通过劳务费方式套取科研经费是否就是违纪款”的问题：
违纪款的定义与判断：
- 违纪款通常指的是违反党纪、政纪或单位内部规章制度所取得的款项。通过劳务费方式套取科研经费，如果这种行为违反了相关的财务管理规定、科研经费使用规定或者党纪政纪，那么这部分款项确实可以被认定为违纪款。
- 具体来说，如果劳务费的发放没有真实对应的劳务活动，或者劳务费的金额超出了实际劳务的价值，且这种超发是为了套取科研经费，那么这种行为就构成了违规，相关款项应被视为违纪款。
法律后果：
- 套取科研经费不仅可能构成违纪，还可能涉及违法。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果套取的科研经费数额较大，且用于非法活动或者造成重大损失，那么相关责任人可能面临刑事责任的追究。
- 即使不构成犯罪，套取科研经费的行为也可能受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等，并可能影响相关责任人的职业声誉和未来发展。
接下来，关于“违纪款是否一定要全部收缴回来”的问题：
收缴原则：
- 一般来说，对于违纪款，相关部门会依据规定进行收缴，以维护财经纪律和科研秩序。收缴的目的是纠正违规行为，防止国有资产流失，并起到警示和教育作用。
收缴的灵活性：
- 虽然收缴违纪款是原则，但在实际操作中，也可能根据具体情况进行灵活处理。例如，如果违纪款已经用于合法的科研活动或者已经无法追回，那么可能不会全部收缴，而是采取其他措施进行纠正和处罚。
- 另外，如果违纪行为情节轻微，且相关责任人能够积极配合调查、主动退还违纪款并采取措施纠正错误，那么相关部门也可能考虑从轻或者减轻处理。
具体案例与操作：
- 在实际操作中，收缴违纪款的具体方式和程序可能因地区、单位以及违纪情节的不同而有所差异。一般来说，相关部门会先进行调查取证，确认违纪事实和金额，然后依据规定进行收缴。
- 如果相关责任人对收缴决定有异议，他们可以通过合法途径进行申诉或者复议。
总结与建议：
- 通过劳务费方式套取科研经费，如果违反了相关规定，确实可能构成违纪款，并可能面临法律后果。
- 对于违纪款，相关部门一般会依据规定进行收缴，但在实际操作中也可能根据具体情况进行灵活处理。
- 如果您或者您所在的单位涉及此类问题，建议积极配合相关部门的调查，主动退还违纪款（如果确实存在），并采取措施纠正错误，以减轻可能的法律后果。同时，也可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律支持。