《土地管理法》第78条与《城乡规划法》第65条的适用区别主要体现在违法行为类型、执法主体、法律后果及适用范围等方面，具体分析如下：

1. 违法行为类型

• 《土地管理法》第78条：
  针对农村村民未经批准或骗取批准非法占用土地建住宅的行为。例如，未办理宅基地审批手续擅自建房，或通过伪造材料获取审批后超面积建设。
  核心要点：违法行为直接关联土地用途管制，强调“非法占地”属性。

• 《城乡规划法》第65条：
  针对在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证要求建设的行为。例如，未申请规划许可即建房，或未按许可的层数、面积建设。
  核心要点：违法行为侧重于违反规划管理，强调“无规划许可”或“未按许可建设”。

2. 执法主体

• 《土地管理法》第78条：
  由县级以上人民政府农业农村主管部门负责查处。例如，某县农业农村局对非法占地建房的村民下达责令退还土地、拆除房屋的决定。
  依据：该条款明确执法部门为农业农村主管部门，体现土地用途管制的专业性。

• 《城乡规划法》第65条：
  由乡、镇人民政府负责查处。例如，某镇政府对未取得规划许可的建房行为责令停止建设、限期改正。
  依据：该条款赋予乡镇政府直接执法权，体现规划管理的属地性。

3. 法律后果

• 《土地管理法》第78条：

  • 退还土地：必须交还非法占用的土地。
    
  • 限期拆除：在规定时间内自行拆除新建房屋；逾期未拆的，可能面临强制拆除。
    
  • 多占土地处理：超出地方规定标准的部分，按非法占用土地论处，可能并处罚款。
    示例：村民非法占用180平方米土地建房（当地标准为120平方米），需退还全部土地并拆除房屋，超出的60平方米按非法占地处罚。

• 《城乡规划法》第65条：

  • 责令停止建设：立即停止违法行为。
    
  • 限期改正：在规定时间内补办手续或调整建设内容。
    
  • 罚款：逾期不改正的，可并处建设工程造价一定比例的罚款（通常为5%-10%）。
    
  • 拆除：无法采取改正措施消除影响的，限期拆除。
    示例：村民未取得规划许可建房，镇政府责令其停止建设并限期补办手续；若逾期未补办，可能面临罚款或拆除。

4. 适用范围

• 《土地管理法》第78条：
  仅适用于农村村民非法占用土地建住宅的行为，不涉及其他建设活动（如工厂、商业用房）。
  例外：若非法占地行为同时违反规划管理（如未取得规划许可），可能同时适用两部法律，但土地管理法优先（因第78条为特别规定）。

• 《城乡规划法》第65条：
  适用于乡、村庄规划区内所有未依法取得规划许可的建设行为，包括住宅、公共设施、商业用房等。
  核心：只要建设行为未取得规划许可或未按许可建设，无论是否非法占地，均可适用。

5. 实务中的衔接与冲突

• 竞合处理：
  若同一行为同时违反两部法律（如未批占地且未取得规划许可），通常优先适用《土地管理法》第78条，因其对非法占地行为的处罚更严厉（直接要求退还土地和拆除房屋）。
  例外：若违法行为不涉及非法占地（如仅未按规划许可建设），则仅适用《城乡规划法》第65条。

• 程序衔接：
  农业农村主管部门与乡镇政府在查处时可能存在协作。例如，农业农村部门发现非法占地行为后，若涉及规划问题，可通报乡镇政府协助处理。

6. 建议与注意事项

• 农村村民建房前：

  1. 向村委会提出申请，经乡镇政府审核、县级政府批准宅基地；
     
  2. 办理乡村建设规划许可证，确保建设符合规划要求；
     
  3. 严格遵守地方宅基地面积标准，避免超占。

• 若面临查处：

  1. 核实执法部门是否具有管辖权（如农业农村部门 vs. 乡镇政府）；
     
  2. 检查处罚决定是否明确法律依据（如引用条款是否准确）；
     
  3. 及时咨询律师，评估是否可申请行政复议或提起行政诉讼。

总结：两部法律在农村建房管理中分工明确，《土地管理法》第78条侧重土地用途管制，《城乡规划法》第65条侧重规划许可管理。实务中需根据违法行为的具体类型、执法主体及法律后果选择适用条款，避免重复处罚或遗漏关键环节。如有进一步疑问，可直接向我咨询。