结论：女儿拿走父母40万且拒绝归还，父母起诉后，女儿是否会留下案底，这主要取决于案件的性质以及法院的最终判决。如果案件被定性为民事纠纷，通常不会留下案底；但如果案件涉及刑事犯罪，如盗窃罪，且女儿被法院判定有罪，那么就会留下案底。

分析说明：

1. 民事纠纷角度：

   • 如果女儿拿走父母的钱是基于某种民事法律关系，比如借款但未归还，或者父母赠与但事后反悔等，这通常被视为民事纠纷。
   • 在民事纠纷中，法院会依据相关法律法规和双方提供的证据，进行调解或判决，要求女儿归还钱款或承担相应的民事责任。
   • 民事纠纷的解决通常不会导致留下案底，因为案底一般与刑事犯罪相关联。

2. 刑事犯罪角度：

   • 如果女儿拿走父母的钱是未经父母同意，且数额较大，可能构成盗窃罪。
   • 盗窃罪是一种刑事犯罪，如果女儿被法院判定有罪，那么就会留下案底，这将对她的未来产生一定的影响，比如影响就业、出国等。
   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。

特殊场景：

• 如果女儿是未成年人，那么在处理此类案件时，法院可能会更加注重保护未成年人的权益，采取更加温和的处理方式，如调解、教育等，以尽量减少对未成年人未来的影响。
• 如果女儿拿走钱款后，父母选择报警，且警方介入调查后认为案件涉嫌刑事犯罪，那么女儿可能会面临刑事指控和审判。

行动建议：

• 父母在发现女儿拿走钱款且拒绝归还后，应首先尝试与女儿进行沟通，了解她的想法和原因，看是否能够通过协商解决问题。
• 如果沟通无果，父母可以考虑寻求法律援助，咨询专业律师的意见，了解自己的权益和可能的法律途径。
• 在决定起诉前，父母应收集好相关证据，如转账记录、聊天记录等，以证明女儿拿走了钱款且拒绝归还。
• 如果案件涉及刑事犯罪，父母应积极配合警方的调查工作，提供必要的证据和信息。

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