在农村土地违法案件中，执法主体主要包括自然资源主管部门、农业农村主管部门以及乡镇人民政府，具体执法权限和职责依据违法行为的性质和情节而定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 自然资源主管部门：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，自然资源主管部门（原国土资源部门）是土地管理的主要执法机构。
   • 执法权限：负责查处非法转让土地、非法占用土地、非法批准使用土地等违法行为。例如，对于未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的行为，自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。

2. 农业农村主管部门：

   • 法律依据：依据《中华人民共和国农村土地承包法》及相关法规，农业农村主管部门在农村土地承包经营方面具有执法职责。
   • 执法权限：主要负责查处涉及农村土地承包经营方面的违法行为，如擅自改变土地农业用途、破坏土地农业综合生产能力等。对于这类行为，农业农村主管部门有权责令改正，并可能处以罚款等行政处罚。

3. 乡镇人民政府：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》及地方性法规，乡镇人民政府在农村土地管理中也扮演着重要角色。
   • 执法权限：乡镇人民政府在发现农村土地违法行为时，有权进行制止，并可以责令违法者限期改正。对于情节严重或拒不改正的，乡镇人民政府可以上报上级人民政府或相关主管部门，由上级部门依法进行查处。此外，在一些地方性法规中，乡镇人民政府还被赋予了直接查处某些轻微土地违法行为的权力。

特殊情况说明：

• 在某些地区，可能还存在其他特定的执法机构或联合执法机制，负责处理农村土地违法案件。这些机构或机制的具体设置和职责可能因地区而异，需结合当地实际情况进行判断。
• 对于涉及多个部门职责的复杂案件，可能会采取联合执法的方式，由多个部门共同参与查处工作。

法律建议：

• 如果您发现农村土地违法行为，首先应明确违法行为的性质和情节，以便确定正确的执法主体。
• 在举报或投诉时，应提供详细的违法事实和证据，以便执法部门能够迅速、准确地进行查处。
• 如果您对执法部门的处理结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

如有任何关于农村土地违法或执法主体的疑问，欢迎直接向我咨询。