劳动合同中约定50000万（即5000万）违约金是否合法，需结合具体情况进行综合分析，但通常情况下，如此高额的违约金约定在劳动合同中是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、法定可以约定违约金的情形
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者仅在以下两种情形下可以约定由劳动者承担违约金：
服务期约定：
- 用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训的，可以与劳动者约定服务期。
- 若劳动者违反服务期约定，需按约定支付违约金，但违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 举例说明：若用人单位为劳动者提供了100万元的培训费用，并约定了10年的服务期，则每年分摊的培训费用为10万元。若劳动者在服务期内违约，其需支付的违约金应不超过剩余服务期所应分摊的培训费用，远低于5000万。
竞业限制约定：
- 用人单位可与负有保密义务的劳动者约定竞业限制条款，并在解除或终止劳动合同后给予经济补偿。
- 劳动者违反竞业限制约定的，需支付违约金。违约金数额需综合考虑竞业限制经济补偿、劳动者工资收入及给用人单位造成的损失等因素。
- 法律未规定具体上限：虽然法律未明确规定竞业限制违约金的具体数额上限，但如此高额的违约金（5000万）在竞业限制约定中也是极为罕见的，且很可能被法院或仲裁机构认定为过高而予以调整。
二、非法定情形下的违约金约定
除上述两种情况外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。若劳动合同中约定的5000万违约金不属于上述两种法定情形，如仅仅是为了限制劳动者的离职自由而设定的，那么该违约金约定是不合法的，对劳动者不具有约束力。
三、违约金数额的合理性判断
即使劳动合同中的违约金约定属于法定情形，其数额也需合理。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。一般来说，违约金的数额不应超过造成损失的百分之三十（此比例为一般性指导，并非绝对标准，具体需法院或仲裁机构根据案件实际情况裁量）。
- 5000万违约金的合理性：在劳动合同中约定5000万违约金，几乎不可能与用人单位的实际损失相匹配，也远超了一般合理范围。因此，即使属于法定情形，该违约金约定也很可能被法院或仲裁机构认定为过高而予以调整。
四、建议与总结
- 劳动者角度：在签订劳动合同时，应仔细审查合同中的违约金条款，确保其符合《劳动合同法》的法定情形及数额限制。若对违约金条款存在疑问或不确定其合法性，应及时向我咨询以确认，以保障自身权益。
- 用人单位角度：在设定违约金条款时，应遵循合法、合理、公平的原则，避免设定过高或过低的违约金数额。过高的违约金不仅可能无法得到法律支持，还可能影响用人单位的声誉和劳动关系和谐。
综上所述，劳动合同中约定的5000万违约金在通常情况下是不合法的。若您对此有进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。