商家是否违法需分情况讨论，具体如下：

1. 若商家故意虚开发票金额以偷逃税款
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，商家开具发票时必须如实填写交易金额，不得虚开或变造。若购车合同金额高于发票金额，且差额部分未体现在发票中（例如合同价15万元但发票仅开12万元），商家可能涉嫌偷逃增值税、企业所得税等税款。此时商家行为违法，税务机关可依据《税收征收管理法》第六十三条对其追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款；情节严重的可能构成逃税罪（《刑法》第二百零一条）。

2. 若差额部分为合理费用且已单独列明
   若合同金额高于发票金额的原因是商家代收了车辆购置税、保险费、上牌费等第三方费用，且这些费用在合同中明确标注为“代收代付”项目（例如合同总价15万元中，12万元为车价，3万元为代收税费），同时发票仅开具车价部分（12万元），其余费用由商家提供代收凭证或第三方发票。这种情况下，商家行为不违法，但需满足两个条件：

• 合同中清晰区分车价与代收费用；
  
• 商家能提供代收费用的合法凭证（如税务局代开发票、保险公司保单等）。

1. 若商家以“低价开票”诱导消费者
   部分商家可能以“开票价更低能少交购置税”为噱头吸引消费者，但实际购车款仍按合同金额收取。这种行为不仅违反发票管理规定，还可能损害消费者权益（例如车辆后续转让时，低发票价可能导致评估价值降低）。此时商家涉嫌欺诈，消费者可依据《消费者权益保护法》第五十五条要求“退一赔三”（最低赔偿500元）。

给您的建议：

• 核对合同条款：检查合同中是否明确标注车价、代收费用等项目；
  
• 要求完整发票：要求商家开具与合同金额一致的发票，或提供代收费用的合法凭证；
  
• 保留证据：若发现商家偷逃税款或欺诈，可向当地税务局举报（12366）或通过12315平台投诉。
  

如有具体合同条款或交易细节需要分析，可直接向我提供更多信息。