发票金额低于付款金额是否违法，需结合具体情况判断，但通常存在法律风险，应尽量避免。
首先，我们要明确的是，在正常的商业交易中，发票金额应当如实反映实际的交易金额。根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，应当向收款方取得发票，且取得发票时不得要求变更品名和金额。这意味着，发票的开具应当与实际交易情况相符，包括交易金额。
现在，我们来分析发票金额低于付款金额可能涉及的几种情况：
合理差异：
- 在某些情况下，发票金额与实际付款金额之间可能存在合理差异。例如，商家为鼓励消费者及时付款或促进销售，可能会给予一定的现金折扣。此时，消费者按折扣后金额付款，而发票可能开具的是实际交易金额（含折扣前的原价），但这种情况通常会在发票或相关凭证上有所注明，且符合商业习惯和财务规范，不构成违法。
- 另一种情况是分期付款或预付定金。双方可能会约定先支付部分款项并开具对应金额的发票，待后续完成全部交易或服务后再补齐剩余金额的发票。只要后续按约定操作，这种安排也是合法的。
潜在法律风险：
- 偷逃税款：如果故意通过少开发票金额来减少应纳税额，这种行为属于偷逃税款，违反了《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定。税务机关将追缴不缴或少缴的税款，并处以罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
- 商业贿赂或不正当利益输送：当付款金额大于发票金额时，这种差价可能被用于商业贿赂或不正当利益输送，违反了《中华人民共和国反不正当竞争法》和《中华人民共和国刑法》等相关法律法规关于商业贿赂的规定。
- 虚开发票：根据《中华人民共和国发票管理办法》，发票的开具应当与实际交易金额相符。如果发票金额小于实际付款金额且没有合理解释，可能构成虚开发票的行为，将面临法律的制裁，包括没收违法所得、罚款以及可能的刑事责任。
建议：
- 加强财务管理和内部控制：确保发票的真实性和合法性，不得随意变更品名和金额。企业和个人应建立完善的财务管理制度，对发票的开具、接收和保管进行严格管理。
- 及时沟通补开发票：当发现发票金额小于实际付款金额时，应立即与供应商或服务提供商沟通，要求补开差额部分的发票。这有助于确保账目的清晰和准确，避免潜在的法律风险。
- 调整账目与注释说明：如果无法获得补开的发票，应调整账目，并在财务报表中进行必要的注释和说明。这有助于向税务机关和其他相关方解释账目差异的原因，减少误解和风险。
综上所述，虽然发票金额低于付款金额并不总是违法的，但其合法性需结合具体交易背景和后续处理情况来判断。为了避免潜在的法律风险，企业和个人在进行交易时应严格遵守相关法律法规，确保发票金额与实际付款金额的一致性。