结论：结合新闻背景，交管部门在此次少年骑马致死案中的责任认定程序是合法的。以下从多个维度进行分析：
一、交管部门责任认定程序的合法性依据
法定程序遵循：
- 交管部门在处理交通事故时，需依据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例等相关法律法规进行责任认定。这些法律法规明确规定了交通事故责任认定的程序、原则和标准。
- 在本案中，交管部门按照法定程序进行了事故现场勘查、调查取证、分析原因，并最终出具了《交通事故责任认定书》，认定阿某承担事故主要责任，叶某承担次要责任。这一程序符合法律规定，具有合法性。
事实清楚、证据充分：
- 交管部门在责任认定过程中，收集了充分的证据，包括事故现场照片、证人证言、监控视频等，这些证据能够清晰地反映事故发生的经过和原因。
- 法院在二审中认为，交管部门作出的责任认定事实清楚，双方未在法定期限内提出异议，该认定书具有法律效力。这进一步证明了交管部门责任认定的合法性和准确性。
二、责任认定的合理性分析
未成年人违规行为的法律责任：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，行人、非机动车、机动车等道路交通参与者都应当遵守交通规则，确保交通安全。未成年人作为道路交通参与者之一，同样需要遵守交通规则。
- 在本案中，11岁的阿某骑马驶入机动车道，违反了交通规则，是导致事故发生的主要原因。因此，交管部门认定阿某承担主要责任是合理的。
摩托车驾驶人的过错与责任：
- 虽然叶某存在无证驾驶摩托车且车速过快的行为，但这些行为并非导致事故发生的唯一原因。阿某的违规行为同样对事故的发生起到了重要作用。
- 交管部门在责任认定时，综合考虑了双方的行为和过错程度，认定叶某承担次要责任。这一认定既体现了对叶某过错行为的惩罚，也体现了对阿某违规行为的责任追究。
三、对公众的启示与预防措施
加强交通安全教育：
- 本案再次提醒我们，交通安全教育至关重要。家长和学校应当加强对未成年人的交通安全教育，引导他们遵守交通规则，增强自我保护意识。
- 同时，社会各界也应当共同努力，营造良好的交通安全氛围，提高公众的交通安全意识。
完善交通设施与管理：
- 政府和相关部门应当进一步完善交通设施，如设置合理的交通标志、标线等，为道路交通参与者提供明确的指示和引导。
- 同时，加强对道路交通的监管和管理，对违规行为进行及时查处和纠正，确保道路交通安全有序。
四、法律后果与责任承担
民事赔偿责任：
- 根据法院的判决，阿某的法定监护人需要承担70%的赔偿责任，即89.6万元。这一判决体现了法律对未成年人违规行为的责任追究和对受害者权益的保护。
行政与刑事责任（如适用）：
- 在本案中，虽然未涉及行政或刑事责任，但如果未成年人的违规行为构成犯罪或违反治安管理规定，其监护人还可能面临相应的行政或刑事责任。
综上所述，交管部门在此次少年骑马致死案中的责任认定程序是合法的，其认定结果既符合法律规定，也体现了对事故双方行为的合理评价。公众应当从中吸取教训，加强交通安全意识，共同维护道路交通安全。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。