未通过资格预审的申请人提交的投标文件，招标人可以拒收。这一结论具有明确的法律依据和重要的实践意义，以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十六条的规定：“未通过资格预审的申请人提交的投标文件，以及逾期送达或者不按照招标文件要求密封的投标文件，招标人应当拒收。”这一条款直接明确了招标人在面对未通过资格预审的申请人提交的投标文件时，有权且应当拒收。
二、资格预审的重要性
资格预审是招标过程中的一个关键环节，其主要目的在于：
- 筛选合格投标人：通过对投标人的资质、能力、经验等进行初步审查，确保只有符合项目要求的合格投标人才能进入后续的投标阶段。
- 保证项目质量：通过资格预审，可以筛选出具备完成项目必要条件的投标人，从而保证项目的质量和进度。
- 提高招标效率：减少不合格投标人的参与，可以降低招标人的工作量和成本，提高整体招标效率。
三、拒收未通过资格预审投标文件的后果
- 投标文件无效：未通过资格预审的申请人所提交的投标文件将被视为无效，不会进入后续的开标、评标等环节。
- 失去竞争机会：申请人将因此失去参与该项目竞争的机会，无论其投标文件内容如何优秀，均无法获得中标资格。
- 维护招标公正性：拒收未通过资格预审的投标文件，有助于维护招标过程的公正性和透明性，防止不合格投标人通过不正当手段获得中标资格。
四、实际操作中的注意事项
- 及时通知并说明原因：招标方应及时通知未通过资格预审的申请人，并明确告知未通过的具体原因，以便申请人了解自己的不足并在未来加以改进。
- 严格保密：对于未通过的投标文件，招标方应妥善保管并严格保密，不得泄露其中的商业秘密或个人隐私信息。
- 合法合规处理：根据招标文件的规定和实际情况，招标方可选择将未通过的投标文件退还给申请人或进行销毁处理，但无论采取何种方式，都必须确保处理过程的合法性和合规性。
五、对招标人与投标人的建议
- 对招标人：应严格按照法律法规和招标文件的要求进行资格预审和投标文件接收工作，确保招标过程的公平、公正与透明。同时，应建立健全的投诉处理机制，及时处理和解决潜在投标人或其他利害关系人的投诉。
- 对投标人：在参与投标前，应认真了解招标要求和条件，充分准备相关材料以证明自己具备完成项目的实力和能力。若未通过资格预审，应认真分析原因并积极改进，以提高未来的投标成功率。
综上所述，未通过资格预审的申请人提交的投标文件，招标人可以且应当拒收。这一规定旨在维护招标过程的公平、公正与高效，确保项目顺利实施。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。