若诉讼时公司不认可劳动合同，劳动者可采取以下措施来维护自身权益：
收集并固定其他证据：
- 工资支付记录：如银行转账记录、工资条等，这些能证明公司实际向你支付了工资，是劳动关系存在的重要证据。
- 工作证、工作服：这些物品上若印有公司名称或标志，可作为你与公司存在劳动关系的辅助证据。
- 考勤记录：如打卡记录、考勤表等，能证明你按照公司的要求进行了工作考勤，进一步证明劳动关系的存在。
- 同事证言：如果有同事愿意出庭作证，证明你与公司之间存在劳动关系，这也是有力的证据。
- 其他书面材料：如公司发布的通知、公告、邮件等，只要涉及你的工作内容或身份，都可能成为证明劳动关系的证据。
申请劳动仲裁或提起诉讼时的策略：
- 在仲裁或诉讼中明确主张：在提交仲裁申请或起诉状时，明确指出公司不认可劳动合同的行为，并列出你已收集到的其他证据，以证明劳动关系的存在。
- 利用法律程序进行质证：在仲裁或庭审过程中，充分利用质证环节，对公司提出的反驳意见进行有力回应，并展示你收集到的证据。
- 请求仲裁机构或法院调查取证：如果你认为某些关键证据由公司掌握而你无法获取，可以请求仲裁机构或法院责令公司提交相关证据。
考虑法律后果与应对策略：
- 若公司无正当理由不认可劳动合同：这可能构成对劳动者权益的侵害，你可以依据《劳动合同法》等相关法律法规，要求公司承担相应的法律责任，如支付未签劳动合同的双倍工资差额（如果确实未签且符合法定情形）、补缴社会保险等。
- 若劳动合同存在瑕疵或争议：如合同条款不明确、存在欺诈或胁迫情形等，你可以依据《劳动合同法》的相关规定，主张合同无效或部分无效，并要求公司重新签订或修改合同。
- 准备应对公司的反诉或抗辩：公司可能会提出各种反诉或抗辩理由，如认为你违反公司规章制度、不胜任工作等。你需要提前准备相应的证据和法律依据，以应对公司的这些主张。