针对公司员工漏打卡扣款的问题，这确实是一个涉及员工权益和公司管理规定的敏感话题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公司不能随意扣款。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。这意味着，除非有明确的合同约定或公司规章制度，并且这些规定不违反法律法规，否则公司不能直接对员工进行扣款。
对于漏打卡的情况，公司应该采取更为合理和人性化的管理方式。以下是一些建议的处理步骤：
核实情况：
- 公司应该首先核实员工的漏打卡情况，确认是否确实存在漏打卡，以及漏打卡的具体原因。这可以通过查看考勤记录、与员工沟通或要求员工提供相关证明等方式进行。
依据公司规章制度处理：
- 如果公司有明确的考勤管理制度，并且这些制度已经向员工公示或告知，那么公司可以依据这些制度对员工进行处理。但需要注意的是，处理方式应该合理、适度，并且不能违反法律法规。
- 例如，如果公司规定漏打卡一次可以视为迟到或旷工，并据此进行扣款，那么这种规定必须明确、合理，并且已经得到员工的认可。同时，扣款金额也应该在合理范围内，不能过高。
与员工沟通协商：
- 在处理漏打卡问题时，公司应该与员工进行充分的沟通协商，了解员工的实际情况和困难，并尽量寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果员工是因为特殊原因（如设备故障、网络问题等）导致漏打卡，公司可以考虑给予一定的宽容和理解，并采取相应的补救措施。
避免“以罚代管”：
- 公司应该避免将扣款作为管理员工的主要手段，而应该通过加强培训、提高员工意识、完善考勤制度等方式来预防漏打卡问题的发生。
- 同时，公司也应该对员工的良好表现给予及时的奖励和认可，以激发员工的工作积极性和归属感。
法律途径：
- 如果员工认为公司的扣款行为违反了法律法规或合同约定，员工可以通过合法途径维护自己的权益。例如，员工可以向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或向法院提起诉讼等。
具体案例参考：
- 在湖南法院的案例中，何某因多次迟到早退被公司开除，法院认定公司行为合法，因为公司有明确的考勤管理规定，并且何某多次违反。但另一个案例中，李某仅迟到几分钟，公司却断定其严重违反规章制度并扣款，法院认为公司行为违背了用工管理的合理、善意和限度原则，并进行了调解。
综上所述，对于公司员工漏打卡扣款的问题，公司应该采取合理、适度、人性化的管理方式，并依据明确的规章制度进行处理。同时，员工也应该了解自己的权益和义务，并在必要时通过合法途径维护自己的权益。