笔迹鉴定结果不符合合同原始笔迹时，合同是否有效需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同修改与笔迹鉴定的有效性前提
双方是否达成一致：
- 有效情形：若合同修改内容经过双方同意，并在修改处签字或盖章确认，手写修改部分通常视为有效。此时，即使笔迹鉴定结果显示修改笔迹与原始笔迹不符（如因书写习惯变化、书写工具不同等原因导致），但只要双方认可修改内容，合同修改部分仍有效。
- 无效情形：若单方修改合同，未经另一方同意或确认，一般不具备法律效力。此时，笔迹鉴定结果若显示修改笔迹非双方所写，将进一步证明修改无效，合同应以原始版本为准。
笔迹鉴定的科学性和可靠性：
- 有效的笔迹鉴定需由专业机构和人员执行，运用科学方法和技术对笔迹特征进行综合分析比对。样本的充足性、质量以及书写条件和环境因素均会影响鉴定准确性。若鉴定过程科学、样本可靠，鉴定结果可作为认定合同效力的重要依据。
鉴定程序的合法性和公正性：
- 鉴定机构需具备法定资质，鉴定人员需取得合法执业资格。鉴定过程应遵循相关技术标准和规范，并经过法定的质证程序。若鉴定程序违法或存在瑕疵，可能导致鉴定结果无效，进而影响合同效力的认定。
二、笔迹鉴定结果对合同效力的具体影响
鉴定结果作为证据：
- 若笔迹鉴定结果显示修改笔迹确为双方或其中一方所写（即使与原始笔迹存在差异，但符合双方书写习惯或特定条件下的书写特征），该结果将作为认定合同修改真实性和有效性的重要依据。
- 若鉴定结果显示修改笔迹非双方所写，且双方无法提供其他证据证明修改的有效性，则修改部分可能被认定为无效，合同以原始版本为准。
结合法律规定和合同约定：
- 合同的变更需符合法律规定，即双方协商一致并采用书面形式。手写修改作为书面形式的一种，在符合法律要求时可视为有效。但若合同中明确规定了禁止手写修改或对修改方法有特殊要求（如需加盖公章、双方签字并注明日期等），未能遵守这些规定的修改可能会被判为无效。
三、实际应用中的建议
协商解决：
- 在涉及合同手写修改的争议中，首先应尝试通过协商解决。双方可以就修改内容、笔迹鉴定结果等进行沟通，寻求共识。
申请笔迹鉴定：
- 若协商不成，可以考虑申请笔迹鉴定以明确责任。在选择鉴定机构时，应确保其具备相应的资质和信誉，并提供充分且质量良好的比对样本以提高鉴定结果的准确性。
法律途径：
- 若笔迹鉴定结果无法达成一致或鉴定结果对合同效力产生重大影响，双方可以通过法律途径解决争议。法院将综合考虑笔迹鉴定结果、合同约定、法律规定等因素来认定合同效力。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，后甲单方在合同上修改了交货时间并签字。乙对修改内容不予认可并申请笔迹鉴定。若鉴定结果显示修改笔迹非乙所写且甲无法提供其他证据证明修改的有效性，则修改部分无效，合同仍以原始交货时间为准。
总结来说，笔迹鉴定结果不符合合同原始笔迹时，合同是否有效需根据双方是否达成一致、笔迹鉴定的科学性和可靠性、鉴定程序的合法性和公正性以及合同约定和法律规定等因素综合判断。若您在此方面遇到具体问题，可以直接向我咨询。