在符合特定条件下，个人所得税App申报查询结果显示减除费用60000元是合法的。具体分析如下：

1. 法律依据与标准：根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条第一款第一项规定，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。因此，对于居民个人而言，每年60000元的基本减除费用标准是法定的。

2. 适用对象与条件：

   • 居民个人：只有居民个人（在中国境内有住所，或者无住所而在境内居住满一年的个人）才能享受每年60000元的基本减除费用。非居民个人（在中国境内无住所又不居住，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住不满一百八十三天的个人）则按月计算应纳税所得额，不适用年度60000元的减除标准。
   • 综合所得：减除费用60000元适用于居民个人的综合所得，包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得。对于经营所得、利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得等其他类型的所得，不适用这一减除标准。

3. 申报与查询：在个人所得税App中，系统会根据您的纳税身份（居民个人或非居民个人）和所得类型，自动计算并显示应纳税所得额。如果您的申报信息准确无误，且您属于居民个人，且所得类型为综合所得，那么系统显示的减除费用60000元就是合法的。

4. 特殊情况：如果您在纳税年度内存在中途入职、离职、跨地区就业等特殊情况，或者享受了其他税收优惠政策（如税收协定待遇、税收减免等），那么您的实际减除费用可能会有所不同。但无论如何，系统显示的减除费用都应当基于您的实际申报信息和税法规定进行计算。

建议：如果您对个人所得税App中的申报查询结果有疑问，或者认为系统显示的减除费用与您的实际情况不符，您可以仔细核对您的申报信息，或者联系当地税务机关进行咨询和核实。同时，您也可以随时向我提问，我会根据您的具体情况提供更详细的法律解答。