您好，针对您提出的“交税只能税务窗口交，个税app查不到，是否合法”的问题，我将为您详细解答。
首先，需要明确的是，交税的方式并不局限于税务窗口缴纳。在现代税收管理体系中，为了方便纳税人，税务部门提供了多种缴税方式，包括但不限于税务窗口缴纳、网上银行缴纳、手机APP缴纳等。因此，仅仅因为您选择在税务窗口交税，并不能直接推断出个税APP上查不到就是不合法的。
接下来，我们探讨个税APP上查不到缴税记录的可能原因。个税APP是税务部门为方便纳税人查询个人税收信息而推出的一款手机应用。它通常能够显示纳税人的收入纳税明细、专项附加扣除信息、申报记录等。如果您在个税APP上查不到缴税记录，可能有以下几种情况：
数据同步延迟：有时候，由于系统更新或数据同步的原因，个税APP上的信息可能不是实时更新的。您可以稍后再次查询，或者联系当地税务部门确认数据同步情况。
扣缴义务人未申报：根据《国家税务总局关于发布<个人所得税扣缴申报管理办法(试行)>的公告》的规定，扣缴义务人（如您的雇主）应当在代扣税款的次月十五日内，向主管税务机关报送其支付所得的所有个人的有关信息、支付所得数额、扣除事项和数额、扣缴税款的具体数额和总额以及其他相关涉税信息资料。如果扣缴义务人未按时申报，那么您的缴税记录可能无法在个税APP上显示。
查询方式不正确：请确保您使用的是正确的查询路径和方式。在个税APP上，您可以通过“办&查”-“收入纳税明细”等路径查询您的缴税记录。
至于您提到的“合法性”问题，如果扣缴义务人已经按照税法规定代扣了您的税款，并且按时向税务机关进行了申报，那么即使个税APP上暂时查不到缴税记录，也不代表这种行为是不合法的。但是，如果扣缴义务人未按时申报或者未代扣税款，那么这种行为就可能构成偷税漏税，是违法的。
因此，我建议您首先确认扣缴义务人是否已经按时为您申报了个人所得税。您可以通过个税APP的查询功能进行初步确认，或者联系您的雇主（扣缴义务人）进行核实。如果确认存在未申报或未代扣税款的情况，您可以向当地税务部门进行举报或咨询相关法律责任。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。