公司无权自行规定代替别人签字就进行罚款，若公司以此为由实施罚款，该规定不合法，员工有权拒绝并可采取相应措施维护自身权益。以下从多个角度进行分析：

从公司规章制度合法性角度

1. 罚款权主体限制：根据我国相关法律规定，只有特定的行政机关（如工商、税务、公安等）在法定授权范围内，才有对公民、法人或其他组织进行罚款的权力。公司作为市场主体，并不具备行政处罚权，其制定的规章制度中若包含罚款内容，一般是不具有法律效力的。所以，公司规定代替别人签字就罚款，从主体资格上来说就是不合法的。
2. 规章制度制定程序要求：即使公司想要通过规章制度对员工进行一定的约束和管理，该规章制度也必须经过民主程序制定，即需要与职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，规章制度制定后还需要向员工进行公示或者告知。如果公司关于代替签字罚款的规定没有经过这些法定程序，那么该规定也是无效的。

从员工行为性质及公司应对角度

1. 代替签字行为性质：代替别人签字的行为，其性质需要根据具体情况来判断。如果该签字行为涉及到重要的法律文件、合同等，且未经被代理人授权，可能构成无权代理，严重的甚至可能涉嫌伪造证件、印章等违法犯罪行为。但如果只是一些内部非关键性的文件签字，且没有造成严重后果，一般属于违反公司内部管理规定的行为。
2. 公司合法应对方式：对于员工代替别人签字的行为，公司不能直接进行罚款，但可以采取其他合法的管理措施。例如，根据公司内部的纪律处分制度，给予员工警告、记过、降职、辞退等纪律处分；如果该行为给公司造成了经济损失，公司可以要求员工进行赔偿，但需要通过合法的途径，如协商、仲裁或诉讼等方式来主张权利。

员工应对措施

1. 拒绝不合理罚款：如果公司以代替别人签字为由对员工进行罚款，员工有权拒绝缴纳罚款，并可以向公司说明该规定不合法。
2. 与公司协商沟通：员工可以与公司的人力资源部门或相关领导进行沟通，说明自己的立场和理由，要求公司撤销不合理的罚款决定。
3. 寻求劳动监察部门帮助：如果公司坚持要求员工缴纳罚款，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对公司的违法行为进行查处，并责令公司改正。
4. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果因公司的不合理罚款行为与公司产生了劳动争议，员工可以依法申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。