撤诉申请是原告在诉讼过程中，因特定原因决定不再继续进行诉讼，而向法院提出的撤回起诉的申请。针对您提出的“被告不愿意原告起诉自己的公司撤诉申请理由怎么写”这一问题，以下是从不同角度给出的详细解答：

一、撤诉申请的基本结构与要素

在撰写撤诉申请时，无论被告是否愿意原告撤诉，申请书的基本结构与要素都是相似的。主要包括：

1. 标题：明确写为“撤诉申请书”。
2. 申请人信息：详细填写原告的姓名、性别、年龄、民族、职业、住址等个人信息。若为法人或其他组织，则应提供相应名称、住所地、法定代表人或主要负责人信息。
3. 被申请人信息：同样详细列出被告的姓名、性别、年龄（或出生年月日）、民族、职业/工作单位及职务、住址等。
4. 案由与案件编号：简要说明起诉的案由（如合同纠纷、侵权纠纷等）及案件的编号（如有）。
5. 撤诉请求：明确表达撤回对被告起诉的请求。
6. 事实与理由：这是撤诉申请的核心部分，需详细阐述撤回起诉的具体原因。
7. 结尾：表达希望法院予以批准的意愿，并签署日期和申请人姓名。

二、撤诉申请理由的撰写

针对您的情况，虽然被告不愿意原告撤诉，但撤诉申请的理由仍应基于原告自身的考虑和实际情况。以下是一些常见的撤诉理由示例，您可以根据实际情况进行选择和调整：

1. 与被告达成和解：

   • 示例：“在贵院审理[具体案件名称及案号]一案中，经与被告充分协商，双方已就争议事项达成和解协议。被告承诺[具体履行事项]，双方纠纷已妥善解决。为节约司法资源，特申请撤回起诉。”
   • 说明：即使被告最初不愿意原告起诉，但在诉讼过程中，双方可能通过协商达成了和解。此时，原告可以基于和解协议提出撤诉申请。

2. 证据不足或需要进一步收集证据：

   • 示例：“在本案审理过程中，原告发现所掌握的关键证据不足以充分支持诉讼请求。为避免给法庭造成不必要的麻烦，并待收集到充分证据后再行起诉，现决定撤回起诉。”
   • 说明：如果原告在诉讼过程中发现证据不足或需要进一步收集证据，可以以此为由提出撤诉申请。这并不受被告意愿的影响。

3. 诉讼目的已实现或失去实际意义：

   • 示例：“因案情发生重大变化，原诉讼请求已失去实际意义，继续诉讼已无必要。故特此申请撤回起诉，望法院予以准许。”
   • 说明：如果原告的诉讼目的已经实现（如被告已履行了部分或全部义务）或因案情变化而失去实际意义，可以提出撤诉申请。

4. 其他个人或家庭原因：

   • 示例：“由于原告近期遭遇[具体家庭或个人变故]，导致无法继续进行本次诉讼。为不影响诉讼程序的正常进行，现申请撤回起诉，待相关问题解决后再视情况决定是否继续主张权利。”
   • 说明：如果原告因个人或家庭原因无法继续诉讼，也可以以此为由提出撤诉申请。

三、撰写撤诉申请时的注意事项

1. 真实性：撤诉理由必须基于真实情况，不得虚构或隐瞒。
2. 合理性：理由应符合法律规定和公序良俗，避免滥用撤诉权利。
3. 尊重性：在表述上保持对法院的尊重，使用恰当、专业的语言。
4. 清晰性：条理清晰，逻辑连贯，确保法官能快速理解撤诉的原因。

最后，需要强调的是，撤诉是原告的权利，但撤诉后除法律另有规定外，一般不得以同一诉讼请求再次起诉。因此，在决定撤诉前，请务必仔细考虑并评估各种因素。如果您在撰写撤诉申请过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。