罚款不一定都要由发证机关处罚，具体需根据违法行为的性质和法律规定来确定处罚主体。以下分情况详细说明：

1. 发证机关作为处罚主体的情形
   当违法行为直接涉及证件使用或管理时，通常由发证机关处罚。例如：

   • 驾驶证相关违法：驾驶人超速、闯红灯等交通违法行为，由公安机关交通管理部门（驾驶证发证机关）处罚。
     
   • 执业资格违法：医生超范围执业、律师违规代理等，由卫生部门或司法行政部门（执业证发证机关）处罚。
     依据：此类行为直接违反证件管理规定，发证机关有权依据《行政处罚法》及行业法规行使处罚权。

2. 其他行政机关作为处罚主体的情形
   若违法行为与证件无直接关联，或涉及多领域监管，则由其他行政机关处罚。例如：

   • 环保违法：企业超标排放污染物，由生态环境部门处罚，与营业执照发证机关（市场监管部门）无关。
     
   • 税务违法：公司偷逃税款，由税务机关处罚，与营业执照发证机关无关。
     依据：根据《行政处罚法》第18条，限制人身自由的行政处罚权只能由公安机关行使，其他违法行为由具有管理职能的行政机关处罚。

3. 特殊情形：联合处罚或移送管辖

   • 联合处罚：对复杂违法行为（如非法经营药品），可能由市场监管、药监等多部门联合处罚。
     
   • 移送管辖：若发证机关发现违法行为不属于其管辖范围（如发现企业涉嫌犯罪），需将案件移送公安机关或检察机关。
     依据：《行政处罚法》第27条明确规定了案件移送制度。

总结建议：
若您遇到罚款处罚，可先确认处罚主体是否与违法行为直接相关。若对处罚主体或程序有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情和法律规定为您详细分析。