当股东不同意公司合并时，公司需依法保障其合法权益，并可通过以下途径妥善处理：
一、遵循法定程序与表决规则
- 召开股东大会：公司应依法召开股东大会，就合并事项进行表决。这是公司合并的法定程序之一，确保所有股东有机会参与决策。
- 表决规则：根据《中华人民共和国公司法》第四十三条，公司合并的决议必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。若异议股东所持表决权不足三分之一（有限责任公司）或未达到出席会议股东所持表决权的三分之二（股份有限公司），则无法阻止合并决议的通过。但公司仍需依法保障其后续权益。
二、异议股东的权利与救济途径
行使异议股东回购请求权：
- 适用情形：对股东会关于公司合并决议投反对票的股东，有权请求公司按照合理的价格收购其股权。
- 行使期限：股东需在股东会会议决议通过之日起六十日内与公司协商股权收购事项。若双方六十日内未能达成协议，股东可在九十日内向人民法院提起诉讼，要求公司强制收购其股权。
- 回购价格：回购价格应合理，通常可通过协商确定，协商不成的可依法通过司法评估确定。
提起诉讼：
- 撤销合并决议之诉：若股东认为合并决议存在程序违法或内容违反公司章程，可在决议作出之日起六十日内请求人民法院撤销该决议。
- 确认决议无效之诉：若合并决议内容违反法律、行政法规的强制性规定，股东可向人民法院提起诉讼，请求确认决议无效。
三、股权转让与退出机制
- 内部转让：股东可与其他愿意接收股权的股东协商，在公司内部转让股权。这种方式相对简便，通常只需通知其他股东即可（公司章程另有规定的除外）。
- 外部转让：若股东希望将股权转让给第三方，需经其他股东过半数同意。股东应书面通知其他股东征求同意，其他股东三十日内未答复的，视为同意转让。半数以上不同意的股东应购买该股权；不购买的，视为同意转让。在同等条件下，其他股东有优先购买权。
- 退出公司：如果股东无法阻止合并，且对公司未来发展持悲观态度，可通过股权转让的方式退出公司。
四、协商与谈判
股东还可以通过与公司管理层或其他股东进行协商和谈判，表达自己对合并的担忧和反对意见，争取达成共识或找到双方都能接受的解决方案。例如，公司可调整合并方案中的某些条款，或给予异议股东一定的补偿。
五、注意事项与建议
- 确保程序合法合规：公司合并的全过程必须严格遵守法律法规，确保所有程序合法有效。任何违法违规行为都可能引发法律风险，损害公司和股东的利益。
- 保护中小股东利益：公司应特别关注中小股东的权益，避免大股东利用优势地位侵害中小股东利益。在合并过程中，应充分披露信息，保障中小股东的知情权、参与权和决策权。
- 加强沟通协调：在处理异议股东问题时，公司应加强与其的沟通协调工作，争取达成共识并妥善解决问题。
示例说明：
假设某有限责任公司计划合并，但部分股东表示反对。公司首先应召开股东大会，就合并事项进行表决。若表决结果符合法定比例，合并决议生效。对于反对的股东，公司可与其协商股权回购事宜，确定合理的回购价格。若协商无果，股东可在法定期限内向人民法院提起诉讼。同时，公司也可考虑为异议股东提供其他退出机制，如股权转让等。
法律后果提示：
若公司未依法保障异议股东的合法权益，如未提供回购请求权或未履行通知义务等，可能面临法律纠纷和行政处罚。因此，公司应严格遵守法律法规，确保合并过程的合法性和合规性。
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