针对您提出的“行政机关申请法院强制拆除超过了期限怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、对行政机关而言
行政机关在行使行政强制执行权，特别是申请法院强制拆除时，必须严格遵守法定的申请期限。根据《中华人民共和国行政强制法》的相关规定，没有行政强制执行权的行政机关，在当事人在法定期限内不申请行政复议或提起行政诉讼，又不履行行政决定的情况下，可以自期限届满之日起三个月内，依法申请人民法院强制执行。这一“三个月”的期限是法律明确设定的，旨在确保行政机关及时行使权力，并保护当事人的合法权益。
若行政机关不幸超过了这一申请期限，其处理方式应如下：
与当事人协商： 行政机关应首先尝试与当事人进行友好沟通，通过协商的方式促使当事人自觉履行行政决定。这种方式不仅有助于避免法律程序上的复杂性和不确定性，还能维护行政机关与当事人之间的和谐关系。例如，在涉及环保、税务等领域的行政决定时，行政机关可以通过详细解释履行决定的重要性和必要性，争取当事人的理解和主动配合。
分析未及时申请原因，寻求补救： 如果行政机关因不可抗力（如自然灾害、突发事件等）或其他不属于自身原因导致申请期限延误，行政机关应在障碍消除后的一定期限内，及时向法院说明情况，并提供相关证明材料，申请延长期限。法院将根据实际情况审查决定是否准许。例如，若因自然灾害导致办公场所损坏、申请材料遗失等，行政机关需提供灾害证明、受损照片、恢复记录等材料，以证明其未及时申请并非出于自身原因。
二、对当事人而言
面对行政机关超过申请期限的强制执行行为，当事人也应采取积极措施来维护自身合法权益：
积极应对行政机关后续措施： 当行政机关提出协商履行行政决定时，当事人应积极回应，并根据自身实际情况探讨可行的履行方案。如果确实存在困难，当事人可以提出分期履行等合理请求，与行政机关共同寻找解决方案。
维护自身合法权益： 若行政机关采取不合理方式强制要求履行义务，当事人有权拒绝，并通过合法途径维权。例如，当事人可以向行政机关的上级主管部门申诉，或者依法提起行政复议、行政诉讼，要求确认行政机关超期申请强制执行的行为违法。在此过程中，当事人应注意保存相关证据材料，如行政决定书、沟通协商记录、证明自身履行困难的材料等，以便在需要时提供。
三、总结与建议
行政强制执行超过申请期限是一个涉及行政机关与当事人权益平衡的复杂法律问题。为避免此类问题发生，行政机关应加强对申请期限的管理和监控，确保在规定期限内提出申请。若确实错过期限，行政机关应尽快咨询专业法律顾问或律师，探索可能的补救措施。同时，当事人也应了解自己的权利和义务，在面对行政机关的超期执行行为时，能够积极应对并维护自身合法权益。