公司注销备案后，员工一般不可以直接向上级主管部门申请仲裁，但具体需根据公司的性质及实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

一、公司注销备案的法律后果

公司注销备案意味着公司已经完成了注销登记程序，其法人资格已经终止。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司注销后，其民事权利能力和民事行为能力均告消灭，因此，公司不再具备作为劳动仲裁或诉讼主体的资格。

二、员工仲裁的对象选择

1. 一般情况：

   • 在公司注销后，员工若因劳动争议需要仲裁或诉讼，通常无法直接以公司为对象。因为公司已经注销，不再存在，无法承担法律责任。

2. 特殊情况：

   • 存在未清算完毕的财产：如果公司在注销前未依法进行清算，或者清算过程中存在违法行为，导致员工权益受损，员工可以尝试向公司的股东、发起人或者出资人主张权利。在这种情况下，员工可能需要通过诉讼途径，而非仲裁途径，来追究相关责任人的法律责任。
   • 上级主管部门承担责任的情况：对于某些特定类型的公司（如国有企业、集体企业等），其上级主管部门可能在一定程度上承担管理或监督责任。然而，这种责任并不等同于直接作为劳动仲裁的对象。员工若认为上级主管部门存在过错或违法行为，导致自身权益受损，仍需通过诉讼等法律途径来寻求救济，且需有充分证据证明上级主管部门的过错或违法行为与自身权益受损之间存在因果关系。

三、员工应采取的措施

1. 收集证据：

   • 员工应尽可能收集与公司注销、劳动争议相关的证据，如劳动合同、工资单、工作证明、公司注销公告等，以证明自身权益受损的事实和原因。

2. 咨询专业律师：

   • 鉴于公司注销后劳动争议处理的复杂性，员工应咨询专业律师，了解自身权益和可能的救济途径。律师可以根据具体情况，为员工提供针对性的法律建议和帮助。

3. 选择合适的救济途径：

   • 根据具体情况，员工可以选择通过诉讼、协商、调解等方式来寻求救济。在选择救济途径时，员工应充分考虑自身权益、证据情况、诉讼成本等因素。

总结来说，公司注销备案后，员工一般不可以直接向上级主管部门申请仲裁。员工应根据公司的性质及实际情况，选择合适的救济途径来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。