公司合并后原公司注销，员工仍然可以申请劳动仲裁，但关键在于明确责任主体并遵循相应的法律程序。以下是对此问题的详细分析：

一、可以申请仲裁的原因与法律依据

劳动仲裁的核心目的是保护劳动者的合法权益。即使公司因合并而注销，只要员工与原公司存在未解决的劳动争议（如未支付的工资、经济补偿金、社保等），员工依然有权提出仲裁申请。这一权利受到《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规的支持与保障。

二、确定被申请人的原则

在公司合并后原公司注销的情况下，确定被申请人是关键一步。根据具体情况，员工可以考虑以下几种主体作为被申请人：

1. 承继权利义务的主体：若公司合并后，由另一家公司承继了原公司的权利和义务，那么这家承继公司应作为被申请人参加劳动仲裁。

2. 股东或出资人责任：如果合并过程中存在股东或出资人未依法履行清算义务、虚假清算、未足额缴纳出资等行为，导致公司无法清偿债务，员工可以将这些股东或出资人列为被申请人，要求其承担相应责任。不过，这种情况相对复杂，需要具体分析合并协议、清算报告等文件来确定股东或出资人的责任。

三、劳动仲裁的时效与证据要求

• 时效限制：员工应在劳动争议发生后的一年内提出仲裁申请。超过这个时效，仲裁委员会可能不予受理。因此，员工应及时关注自己的权益状况，一旦发现争议，尽快提出仲裁申请。

• 证据准备：员工需准备充分的证据来支持自己的诉求。这些证据包括但不限于劳动合同、工资条、工作证、考勤记录、银行流水等能够证明劳动关系及争议事实的材料。证据的充分性和真实性对于仲裁结果具有至关重要的影响。

四、处理流程

1. 明确仲裁请求与被申请人：员工需根据自己的实际情况，明确仲裁请求（如要求支付工资、经济补偿金等）并确定具体的被申请人。

2. 提交仲裁申请：向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，包括仲裁申请书、证据材料清单及副本等。仲裁申请书应详细陈述仲裁请求、事实和理由，并附上相关证据材料。

3. 等待审理与裁决：仲裁委员会受理后，将按照法定程序进行审理，包括送达仲裁文书、开庭审理、组织调解或作出裁决等环节。员工应积极配合仲裁委员会的工作，按时参加庭审等活动。

五、特殊情况处理

• 如果公司合并过程中存在违法违规行为（如未依法清算、虚假合并等），导致员工权益受损，员工除可向上述主体追责外，还可考虑向相关部门投诉或举报，以维护自己的合法权益。

• 如果员工对仲裁结果不服，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。诉讼是劳动争议解决的最终途径，员工应充分了解诉讼程序和相关法律规定，以便更好地维护自己的权益。

总结与建议：公司合并后原公司注销，员工仍然可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。关键在于明确责任主体、准备充分证据并在规定时效内提出申请。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。