结论：商铺违约时，租金、两个月押金及一个月违约金是否都扣，需依据租赁合同具体条款及违约情形来判断，不能一概而论其合理性。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的约定
租金与押金：
- 租赁合同中通常会明确约定租金的支付方式、金额及押金的处理方式。若合同中明确规定，在承租人违约时，出租人有权扣除全部或部分租金及押金，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么出租人按照合同约定扣除租金和押金是合法的。
- 示例：若合同约定“承租人违约时，出租人有权扣除当月租金及全部押金作为违约金”，则在此情形下，扣除租金和两个月押金（若合同明确押金为两个月租金）是符合合同约定的。
违约金：
- 违约金是合同双方约定的，在一方违约时，向对方支付的一定数额的金钱。违约金的数额应当合理，既不过高也不过低，以弥补守约方因违约行为所遭受的损失。
- 法律规定：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 示例：若合同约定“承租人违约时，需支付一个月租金作为违约金”，且该违约金数额合理，未过分高于出租人因承租人违约所遭受的损失，则扣除一个月违约金是合法的。
二、违约情形的考量
轻微违约：
- 若承租人的违约行为较为轻微，未对出租人造成较大损失，那么出租人扣除全部租金、两个月押金及一个月违约金可能显得过于苛刻，此时出租人可以与承租人协商，适当减少扣除的金额。
严重违约：
- 若承租人的违约行为严重，如擅自转租、改变房屋用途、损坏房屋结构等，且给出租人造成了较大损失，那么出租人按照合同约定扣除租金、押金及违约金可能是合理的，以弥补其因承租人违约所遭受的损失。
三、法律建议
审查合同条款：
- 出租人和承租人均应仔细审查租赁合同中的条款，特别是关于租金、押金及违约金的约定，确保条款明确、合法且合理。
协商解决：
- 在发生违约情形时，双方应首先尝试通过协商解决纠纷，以达成互谅互让的解决方案。
寻求法律救济：
- 若协商无果，出租人或承租人可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：商铺违约时，租金、两个月押金及一个月违约金是否都扣，需根据租赁合同的具体条款及违约情形来判断。若合同条款明确且合法，且违约情形符合合同约定的扣除条件，则出租人的扣除行为可能是合理的。然而，若合同条款存在模糊或不合理之处，或违约情形并不严重，那么出租人扣除全部金额可能显得过于苛刻。因此，在处理此类纠纷时，建议双方仔细审查合同条款，并尝试通过协商或法律途径解决纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。