针对违法建设处罚是按占地面积还是建设面积的问题，结论是：违法建设的处罚通常与占地面积相关联，但具体处罚措施可能同时涉及占地面积和建设面积，具体取决于违法行为的性质和后果。以下是对此问题的详细分析：
一、处罚依据与原则
违法建设的处罚主要依据《中华人民共和国土地管理法》及其相关实施条例，以及《中华人民共和国刑法》中关于非法占用土地和农用地的相关规定。处罚的原则在于纠正违法行为，恢复土地原状，保护土地资源，并追究违法者的法律责任。
二、处罚措施与占地面积、建设面积的关系
责令退还非法占用的土地：
- 这一措施直接关联到占地面积，要求违法者将非法占用的土地退还给合法的土地所有者或使用者。
限期拆除或没收建筑物和其他设施：
- 当违法建设涉及擅自将农用地改为建设用地时，会限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。这里的“非法占用的土地”即指占地面积。
- 若非法占用但符合土地利用总体规划，则没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。没收的对象是建筑物和设施，但这些建筑物和设施是建立在非法占用的土地之上的，因此也间接与占地面积相关。
并处罚款：
- 罚款的数额通常根据非法占用土地的面积（即占地面积）和违法行为的严重程度来确定。例如，根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十七条，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。这里的“非法占用土地”的面积，即指占地面积。
- 在某些情况下，如果违法建设涉及的建设面积较大，且造成了严重后果，如破坏了土地资源或生态环境，罚款的数额可能会更高，甚至可能构成犯罪，需要承担刑事责任。但这种情况下，罚款或刑事责任的判定仍然与占地面积有直接关联，同时也会考虑建设面积和造成的后果。
刑事责任：
- 在某些严重情况下，如非法占用农用地数量较大或造成严重后果的，违法者可能构成犯罪，需要承担刑事责任。刑事责任的判定主要依据违法行为的性质和后果，但占地面积和建设面积通常是判定违法行为严重程度的重要参考因素。
三、特殊情况下的处罚
- 如果违法建设涉及的是非法批准占用土地或买卖、以其他形式非法转让土地的情况，处罚措施可能包括没收违法所得、对责任人员给予行政处分或追究刑事责任等。这些处罚措施虽然不直接涉及占地面积或建设面积的计算，但仍然是基于违法行为的性质和后果来判定的。
四、建议与指导
- 对于违法建设行为，建议违法者立即停止违法行为，并主动配合政府部门的调查处理。
- 如果违法建设已经造成了一定的后果，如破坏了土地资源或生态环境，建议违法者积极采取措施进行修复和补救，以减轻可能的法律责任。
- 同时，建议相关部门加强监管力度，提高执法效率，确保土地资源的合理保护和有效利用。
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