若门窗店安装非标玻璃的行为违反了相关法律法规，可能面临责令改正、罚款、没收违法所得、停业整顿甚至吊销营业执照等处罚，具体处罚措施需根据违法情节的严重程度来确定。以下从不同法律角度进行详细分析：
一、从《中华人民共和国产品质量法》角度
法律依据：
- 根据《中华人民共和国产品质量法》第四十九条，生产、销售不符合保障人体健康和人身、财产安全的国家标准、行业标准的产品的，责令停止生产、销售，没收违法生产、销售的产品，并处违法生产、销售产品（包括已售出和未售出的产品，下同）货值金额等值以上三倍以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，吊销营业执照；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
处罚措施：
- 若门窗店安装的非标玻璃不符合保障人体健康和人身、财产安全的国家标准或行业标准，将面临上述法律条款规定的处罚，包括责令停止安装、没收违法安装的非标玻璃、罚款、没收违法所得，以及可能的吊销营业执照等。
二、从《中华人民共和国消费者权益保护法》角度
法律依据：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》第五十六条，经营者有下列情形之一，除承担相应的民事责任外，其他有关法律、法规对处罚机关和处罚方式有规定的，依照法律、法规的规定执行；法律、法规未作规定的，由工商行政管理部门或者其他有关行政部门责令改正，可以根据情节单处或者并处警告、没收违法所得、处以违法所得一倍以上十倍以下的罚款，没有违法所得的，处以五十万元以下的罚款；情节严重的，责令停业整顿、吊销营业执照：……（十）法律、法规规定的对损害消费者权益应当予以处罚的其他情形。
处罚措施：
- 若门窗店在安装非标玻璃的过程中存在欺诈行为，如故意隐瞒玻璃的非标性质，或者以次充好等，将可能面临上述法律条款规定的处罚，包括警告、没收违法所得、罚款、责令停业整顿、吊销营业执照等。
三、从行业规范与标准角度
行业规范：
- 门窗行业通常有一系列的国家标准和行业标准，对玻璃的规格、性能、安装等方面都有明确规定。若门窗店安装的非标玻璃违反了这些行业规范，虽然可能不直接构成法律上的违法行为，但可能面临行业内的处罚，如被行业协会通报批评、取消会员资格等。
建议措施：
- 门窗店应严格遵守国家和行业的标准和规范，确保安装的玻璃符合相关要求。若因特殊情况需要安装非标玻璃，应提前向相关部门或客户进行说明，并确保非标玻璃的安全性和适用性。