在行政处罚案件调查终结后若需变更案由，应当遵循法定程序重新审查并作出相应处理，具体操作需结合实际情况分情况处理，以下是详细说明：

1. 变更案由的合法性审查
   根据《行政处罚法》第三十八条及《市场监督管理行政处罚程序暂行规定》第四十六条，行政机关在调查终结后发现案件事实与原认定案由不符的，有权依法变更案由，但需满足两个核心条件：

   • 事实依据充分：新案由必须与调查终结后查明的违法事实直接相关，例如原认定“未取得许可经营食品”后发现实际为“经营超过保质期食品”；
     
   • 法律适用准确：新案由对应的违法行为需有明确的法律依据，且处罚种类、幅度符合《行政处罚法》第十二条至第十四条的设定权限。
     

2. 程序性操作步骤

   • 内部审批流程：办案人员需制作《案件调查终结报告》，明确说明原案由、新发现事实及法律依据，报部门负责人审核后，经集体讨论（重大案件）或分管领导批准，形成变更案由的书面决定；
     
   • 当事人权利告知：根据《行政处罚法》第四十四条，若变更案由导致处罚种类、幅度发生变化（如从警告变为罚款），需重新履行告知程序，保障当事人陈述、申辩权；
     
   • 文书修正与送达：修正《行政处罚事先告知书》《行政处罚决定书》中的案由部分，确保文书内容与最终认定事实一致，并依法送达当事人。

3. 特殊情形处理

   • 案由变更导致管辖权转移：若新案由属于其他行政机关管辖范围（如原为市场监管部门管辖的“虚假宣传”，变更后涉及“药品广告违法”需由药监部门处理），应按《行政处罚法》第二十二条的规定，及时移送有管辖权的机关，并书面告知当事人；
     
   • 案由变更引发听证需求：若变更后处罚决定涉及较大数额罚款、吊销许可证等听证范围事项，需按《行政处罚法》第六十三条重新启动听证程序。

实务建议：变更案由本质是对违法行为的重新定性，行政机关需严格遵循“以事实为依据、以法律为准绳”原则，避免因程序瑕疵导致行政行为被撤销。若您具体案件中涉及案由变更争议，可进一步提供案件细节，我将结合《行政处罚法》及相关部门规章为您分析操作路径。