部队内发生的案件，其管辖权主要依据案件的性质和具体情况来确定，一般分为军事法院管辖和地方人民法院管辖两种情况。以下是对这两种情况的详细分析：
军事法院管辖
军事犯罪案件：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，军事法院主要管辖现役军人（包括军内在编职工）的犯罪案件。这些案件通常涉及军事秘密、军事纪律或军事行动等，因此由军事法院专门管辖更为合适。
- 例如，现役军人涉嫌贪污、受贿、盗窃、抢劫等犯罪行为的，将由军事法院进行审判。
军队内部发生的特定民事案件：
- 除了刑事案件外，军事法院还可能管辖一些特定的民事案件，如军队内部的经济纠纷、合同纠纷等。这些案件虽然属于民事范畴，但由于涉及军队内部关系，因此也可能由军事法院进行审理。不过，这一方面的具体管辖范围可能因地区和军队级别的不同而有所差异。
地方人民法院管辖
非军事犯罪案件：
- 如果案件虽然发生在部队内，但并不涉及军事犯罪，而是属于普通刑事犯罪或民事纠纷，那么通常将由地方人民法院进行管辖。
- 例如，部队内的非现役人员（如家属、临时工等）涉嫌犯罪的，或者现役军人涉嫌非军事犯罪的（如交通肇事、故意伤害等，且不属于军事行动或训练中的行为），将由地方人民法院进行审判。
特定情况下的军事犯罪案件：
- 在某些特定情况下，即使案件涉及军事犯罪，也可能由地方人民法院与军事法院共同管辖或由地方人民法院管辖。这通常取决于案件的具体性质、影响范围以及军事法院和地方人民法院的协商结果。
- 例如，当军事犯罪案件同时涉及地方人员或地方利益时，为了保障审判的公正性和效率，可能会由地方人民法院与军事法院共同审理或由地方人民法院管辖。
特殊情况说明
- 军人违反职责罪：根据《中华人民共和国刑法》第十章的规定，军人违反职责罪由军事法院管辖。这类犯罪通常与军人的职责和军事行动紧密相关，因此需要由军事法院进行专门审理。
- 涉及国家秘密的案件：如果案件涉及国家秘密，且该秘密与军事行动或军事秘密紧密相关，那么该案件也可能由军事法院进行管辖，以确保国家秘密的安全和保密。
在实际操作中，如果遇到部队内发生的案件，建议首先根据案件的性质和具体情况判断其管辖权归属。如果不确定或存在争议，可以及时向相关法律机构或专业人士咨询，以确保案件的公正、高效审理。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律解答。