军队内部发生的刑事案件由军队保卫部门管辖。具体分析如下：

1. 军队保卫部门的侦查权：

   • 根据《刑事诉讼法》的相关规定，军队保卫部门对军队内部发生的刑事案件行使侦查权。这意味着，当军队内部发生刑事案件时，军队保卫部门负责进行侦查工作，其性质与公安机关对刑事案件的侦查相同。
   • 军队保卫部门在侦查过程中，享有与公安机关相同的侦查权，包括拘留、执行逮捕、预审等职权，以及讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、扣押物证、书证、鉴定等侦查手段。

2. 军队内部刑事案件的范围：

   • “军队内部发生的刑事案件”主要指的是军队现役军人、文职干部、在编职工犯罪的案件。
   • 即使是军队现役军人、文职干部、在编职工在地方上作案，也属于军队内部的刑事案件，由军队保卫部门侦查。

3. 军地互涉案件的处理：

   • 对于军队和地方互涉的案件，有专门的规定来明确军队和地方的分工处理。这些规定确保了军地互涉案件能够得到妥善处理，维护了法律的统一性和权威性。

综上所述，军队内部发生的刑事案件由军队保卫部门负责侦查和处理。这是由《刑事诉讼法》等法律法规明确规定的，确保了军队内部刑事案件的依法处理。如果你对此类案件有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。