工程结算金额超过合同金额是可以的，但具体是否允许以及允许的比例需根据合同约定、项目类型及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同有明确约定的情况
允许超支的特定条款：
- 若合同中明确规定了工程价款调整的范围和幅度，如允许在一定比例（如±10%）内调整，则结算时超出合同价款在这一幅度内的，按约定正常结算。例如，合同约定工程价款允许在±10%范围内调整，实际结算时超出合同金额5%，则这5%是允许的。
- 若合同中规定了因特定原因（如设计变更、材料价格波动等）导致工程价款增加的处理方式，如按实际发生量结算或重新协商定价，则结算金额可超过合同金额。
变更程序条款：
- 审查合同中关于变更的流程和要求。若结算金额超出是因合同变更所致，应确认是否遵循了约定的变更审批程序。未经适当审批的变更可能影响超出部分的结算。例如，合同规定变更需经双方书面确认并签字盖章，若未履行此程序，则超出部分可能无法得到认可。
二、合同无明确约定的情况
遵循相关法律法规和计价规范：
- 当合同没有明确约定时，应遵循相关法律法规和计价规范。因设计变更、工程洽商、不可抗力等合法合规原因导致工程价款增加或减少的，应根据实际情况进行调整结算。例如，因设计变更导致工程量增加，且该变更已得到业主方认可，则结算时可按实际工程量计算价款。
竣工结算的动态性：
- 工程竣工结算是一种动态的计算过程，它依据工程实际发生的量与额来进行计算。只要双方协商一致且不违反法律法规，结算价款可以超过合同金额。例如，施工过程中因业主方提出额外要求导致工程量增加，双方协商一致后，结算时可按实际工程量计算价款。
三、特定情境下的规定与限制
政府采购项目：
- 根据《政府采购法实施条例》，政府采购合同履行中，若追加与合同标的相同的货物、工程或服务的采购金额超过原合同采购金额的10%，将可能面临财政部门的责令改正、警告以及相关人员处分等后果。因此，在政府采购项目中，结算金额超过合同金额的比例需严格控制。
政府投资项目：
- 某些地方政府或部门对政府投资项目的投资概算有具体规定。例如，吉林省的《吉林省政府投资管理办法》规定，初步设计提出的投资概算若超过经批准的可行性研究报告提出的投资估算10%，项目单位需向投资主管部门报告，并可能需要重新报送可行性研究报告。因此，在政府投资项目中，结算金额超过合同金额也可能受到类似限制。
建设工程竣工结算备案：
- 在部分地区（如吉林省），若报送备案的竣工结算文件超过中标价±10%，发包人需说明原因并提供相应证明材料。这表明，在某些地区，结算金额超过合同金额的比例也需受到一定限制。
四、处理建议
核查合同条款：
- 仔细审查合同中关于工程变更、价格调整、额外费用支付等相关条款，确认是否存在允许超支的特定情况或条件。
分析超支原因：
- 确定超支的具体原因，如工程量增加、材料价格上涨、施工方因素或不可预见因素等，并收集相关证据材料。
按合同约定或协商处理：
- 根据合同约定或双方协商的结果，采取相应措施处理超支问题。若合同中有明确的超支处理机制，如允许在一定范围内的超支或规定了特定的调整方法，应按照该机制进行协商和处理。
准备证据材料：
- 收集所有与超支相关的证据材料，包括施工记录、签证单、邮件往来、地质勘察报告、现场检测数据等，以证明超支的合理性和必要性。
提出索赔或调整请求：
- 根据合同约定和协商结果，向发包方（或承包方）提出正式的索赔或调整请求，详细列明超支的金额、原因、计算依据以及相应的证据材料。
法律途径解决争议：
- 若双方无法通过协商达成一致，可以考虑通过仲裁或诉讼的方式解决争议。在选择法律途径时，应充分了解各种方式的优缺点，并咨询专业律师（即我本人）的意见。
总结来说，工程结算金额超过合同金额并非绝对不允许，但需根据合同约定、项目类型及相关法律法规综合判断。在处理此类问题时，建议双方保持沟通与合作，及时解决施工过程中出现的问题，以减少纠纷的发生。若您在此方面遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。